PDB-3qdp: Structural characterization of the interaction of colicin A, coli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qdp

タイトル

Structural characterization of the interaction of colicin A, colicin N, and TolB with TolAIII translocon

要素

Protein tolA

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / TolA / Translocation /

colicin /

TolB / ColA / ColN /

methylation (メチル化)

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to bacteriocin / regulation of membrane invagination / bacteriocin transport / toxin transmembrane transporter activity / protein import /

virion binding / cell division site / disordered domain specific binding / symbiont entry into host cell /

細胞周期 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Li, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Evidence That Colicin A Protein Binds to a Novel Binding Site of TolA Protein in Escherichia coli Periplasm.
著者: Li, C. / Zhang, Y. / Vankemmelbeke, M. / Hecht, O. / Aleanizy, F.S. / Macdonald, C. / Moore, G.R. / James, R. / Penfold, C.N.

履歴

登録	2011年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月9日	Group: Database references
改定 1.2	2012年6月20日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qdp.cif.gz	28.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qdp.ent.gz	22.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qdp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qdrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ywq-1 3s8w-2 3t7l-d 5bok-d 2k47-d 2ywq-2 3exy-d 2zvs-2 2fgo-d 5zc4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein tolA

ヘテロ分子

13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.283, 70.283, 53.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Protein tolA 分子量: 13180.879 Da / 分子数: 1 / 断片: TolA domain III, residues 302-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: tolA, cim, excC, lky, b0739, JW0729 / プラスミド: pET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19934
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.28 詳細: 0.2 M NaNO3, 2.2 M ammonium sulphate, pH 5.28, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: PILATUS 6M / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→40.32 Å / Num. all: 8641 / Num. obs: 8641 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 38.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 25.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 1234 / R_sym value: 0.456 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→40.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 10.676 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2252	407	4.7 %	RANDOM
R_work	0.19211	-	-	-
obs	0.19374	8209	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.64 Å²	-0.32 Å²	0 Å²
2-	-	-0.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→40.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	659	0	8	43	710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.022	712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.371	2.04	973
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.091	5	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.748	26.4	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.785	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.421	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.162	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.022	550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.234	1.5	466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.014	2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.498	3	246
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.473	4.5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.469	41	-
R_work	0.3	577	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0413	-0.7184	-4.7875	0.7518	1.8837	8.1981	0.0933	0.0506	0.6173	-0.0724	-0.0555	0.2298	-0.6435	-0.2248	-0.0379	0.2484	0.0286	-0.0887	0.1333	-0.0242	0.301	-27.0362	30.5266	5.7116
2	3.7521	1.0397	2.1412	3.8469	3.8267	6.5337	0.0046	-0.0225	0.065	-0.0532	-0.0485	0.2574	0.012	-0.2232	0.0439	0.1377	0.0063	0.0046	0.1377	0.0123	0.1458	-31.0536	20.7003	-1.2332
3	1.8075	0.6875	1.2377	0.4754	0.2668	1.6166	0.2164	-0.4188	-0.196	0.2787	-0.1369	-0.1185	0.0813	-0.0666	-0.0795	0.2447	0.01	-0.0118	0.2116	0.0057	0.2036	-29.3857	12.6764	2.261
4	1.7675	1.1005	-0.7817	4.0677	-1.572	2.1802	-0.046	-0.0737	-0.1459	-0.0869	-0.0369	-0.1206	0.1895	0.0306	0.0829	0.267	0.0076	-0.0111	0.2898	-0.0188	0.2727	-19.0128	17.2466	-0.1737
5	0.657	0.6226	-1.2206	1.775	-2.6063	4.7045	-0.0866	-0.2359	-0.3227	0.0491	-0.0982	-0.1631	0.3982	0.2602	0.1848	0.2843	-0.0194	-0.0533	0.2622	0.0311	0.3265	-26.6771	8.5784	-0.0249
6	2.475	2.4197	2.3372	2.5747	2.3107	3.4709	-0.1169	0.2108	-0.0252	-0.2348	0.0992	0.0596	-0.0132	-0.016	0.0177	0.1227	0.0314	-0.0016	0.1429	-0.0118	0.1273	-20.9169	26.7815	-1.0042
7	8.5415	4.1879	1.8341	4.0956	0.6805	2.8367	0.2061	-0.3948	0.0707	0.1917	-0.1565	0.1658	0.089	-0.1452	-0.0496	0.1906	0.0333	0.0016	0.1372	-0.0035	0.1643	-24.0601	18.6602	6.0261

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	334 - 341
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	342 - 351
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	352 - 369
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	370 - 384
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	385 - 395
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	396 - 412
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	413 - 421

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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