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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qbd | ||||||
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タイトル | 3-Dehydroquinate Synthase (aroB) from Mycobacterium tuberculosis in complex with NAD | ||||||
要素 | 3-dehydroquinate synthase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / dehydroquinate synthase (DHQS) / shikimate pathway (シキミ酸経路) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / nicotinamide adenine dinucleotide (NAD)-dependent enzyme / Rossmann-fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / copper ion binding / nucleotide binding / zinc ion binding ...3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / copper ion binding / nucleotide binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å | ||||||
データ登録者 | Cheng, W.C. / Chen, T.J. / Wang, W.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: 3-Dehydroquinate Synthase (aroB) from Mycobacterium tuberculosis in complex with NAD 著者: Cheng, W.C. / Chen, T.J. / Wang, W.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qbd.cif.gz | 139.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qbd.ent.gz | 109.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qbd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/3qbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/3qbd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3clhS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38992.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: aroB, MRA_2566 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: A5U5N7, UniProt: P9WPX9*PLUS, 3-dehydroquinate synthase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.0M ammonium formate, 0.1M MES Sodium, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.47→30 Å / Num. all: 27611 / Num. obs: 27592 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 22.67 |
反射 シェル | 解像度: 2.47→2.56 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 2697 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3CLH 解像度: 2.47→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.754 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.47→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.469→2.533 Å / Total num. of bins used: 20
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