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- PDB-3q87: Structure of E. cuniculi Mtq2-Trm112 complex responible for the m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q87
タイトルStructure of E. cuniculi Mtq2-Trm112 complex responible for the methylation of eRF1 translation termination factor
要素
  • N6 adenine specific DNA methylase
  • Putative uncharacterized protein ECU08_1170
キーワードTRANSFERASE ACTIVATOR/TRANSFERASE / SAM-methyltransferase / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / methylation (メチル化) / TRANSFERASE ACTIVATOR-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / メチル化 / nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trm112-like / Trm112p-like protein / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Vaccinia Virus protein VP39 ...Trm112-like / Trm112p-like protein / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシルメチオニン / N6 ADENINE SPECIFIC DNA METHYLASE (METHYLTRANSFERASE SUPERFAMILY) / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Liger, D. / Mora, L. / Lazar, N. / Figaro, S. / Henri, J. / Scrima, N. / Buckingham, R.H. / van Tilbeurgh, H. / Heurgue-Hamard, V. / Graille, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Mechanism of activation of methyltransferases involved in translation by the Trm112 'hub' protein
著者: Liger, D. / Mora, L. / Lazar, N. / Figaro, S. / Henri, J. / Scrima, N. / Buckingham, R.H. / van Tilbeurgh, H. / Heurgue-Hamard, V. / Graille, M.
履歴
登録2011年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月3日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32019年12月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: refine / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _refine.ls_R_factor_all / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein ECU08_1170
B: N6 adenine specific DNA methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8734
ポリマ－33,4092
非ポリマー4642
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.115, 74.316, 96.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein ECU08_1170 / Trm112 activator protein


分子量: 14175.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
プラスミド: pET21-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SUP0
#2: タンパク質 N6 adenine specific DNA methylase / Methyltransferase superfamily / Mtq2 catalytic subunit


分子量: 19233.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
プラスミド: pET21-a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8SRR4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG4000, 10% isopropanol, 100mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.214 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.214 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→50 Å / Num. all: 34474 / Num. obs: 33750 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 24.64 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2→2.22 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.997→48.377 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / FOM work R set: 0.8156 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2558 1964 4.99 %Random
Rwork0.2024 ---
obs0.2051 21198 98.88 %-
all-39356 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.901 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.19 Å2 / Biso mean: 30.2186 Å2 / Biso min: 9.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1432 Å20 Å20 Å2
2---1.0093 Å2-0 Å2
3----1.1339 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→48.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2255 0 28 136 2419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1063126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004399
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.029887
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9971-2.0470.36761250.32952464X-RAY DIFFRACTION92
2.047-2.10240.32081400.29192680X-RAY DIFFRACTION99
2.1024-2.16430.31521410.26462680X-RAY DIFFRACTION99
2.1643-2.23410.31291420.25442697X-RAY DIFFRACTION99
2.2341-2.3140.28221430.22722710X-RAY DIFFRACTION100
2.314-2.40660.28651390.21312667X-RAY DIFFRACTION100
2.4066-2.51610.25831440.21122699X-RAY DIFFRACTION100
2.5161-2.64880.26111480.19432716X-RAY DIFFRACTION100
2.6488-2.81470.28151430.21362679X-RAY DIFFRACTION100
2.8147-3.0320.28191430.19262696X-RAY DIFFRACTION100
3.032-3.33710.25261380.19522674X-RAY DIFFRACTION100
3.3371-3.81980.18461400.16622687X-RAY DIFFRACTION99
3.8198-4.81180.20811420.15232655X-RAY DIFFRACTION99
4.8118-48.39120.20891360.17792688X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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