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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q79 | ||||||
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タイトル | Cryptococcus neoformans protein farnesyltransferase in complex with farnesyl-DDPTASACNIQ product | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / protein prenyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein prenyltransferase activity / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cryptococcus neoformans (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.506 Å | ||||||
データ登録者 | Hast, M.A. / Beese, L.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structures of Cryptococcus neoformans Protein Farnesyltransferase Reveal Strategies for Developing Inhibitors That Target Fungal Pathogens. 著者: Hast, M.A. / Nichols, C.B. / Armstrong, S.M. / Kelly, S.M. / Hellinga, H.W. / Alspaugh, J.A. / Beese, L.S. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | There is no UniPort database reference sequence available at the time of the deposition. The ...There is no UniPort database reference sequence available at the time of the deposition. The sequences presented here are of farnesyltransferase alpha subunit(residues 15-349) and beta subunit from Cryptococcus neoformans var. grubii strain H99. The first 14 residues in the alpha subunit(chain A) represent expression tag. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3q79.cif.gz | 334.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3q79.ent.gz | 279.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3q79.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/3q79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/3q79 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Farnesyltransferase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40913.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) / 株: H99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55S71*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 56806.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) / 株: H99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55QV6*PLUS |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1134.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic substrate |
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-非ポリマー , 5種, 389分子
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
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#5: 化合物 | ChemComp-FAR / | ||
#6: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.88 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 15% PEG 4K, 100mM CAPSO pH 9.5, 100mM NaCl, 150mM Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 44750 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / % possible all: 66.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.506→47.954 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.64 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.506→47.954 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 28.3434 Å / Origin y: -31.4456 Å / Origin z: -2.6667 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |