PDB-3q0g: Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis Crotonase Bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q0g

タイトル

Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis Crotonase Bound to a Reaction Intermediate Derived from Crotonyl CoA

要素

enoyl-CoA hydratase echA8

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC /

Crotonase /

Enoyl CoA Hydratase / PSI-2 /

Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase /

enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid metabolic process /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Bruning, J.B. / Delgado, E. / Ghosh, S. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Prokaryotic Crotonase
著者: Bruning, J.B. / Delgado, E. / Ghosh, S. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2010年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Non-polymer description / Other
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q0g.cif.gz	578.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q0g.ent.gz	479.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/3q0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/3q0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pzkC 1mj3S 3q0j C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fjw-d 3q0j-2 3pzk-d 3h81-d 3q0j-1 4q1j-d 3kqf-2 3moy-1 2vx2-2 3hin-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: RV1070C

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: enoyl-CoA hydratase echA8

B: enoyl-CoA hydratase echA8

C: enoyl-CoA hydratase echA8

D: enoyl-CoA hydratase echA8

E: enoyl-CoA hydratase echA8

F: enoyl-CoA hydratase echA8

ヘテロ分子

166 kDa, 6 ポリマー
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1

A: enoyl-CoA hydratase echA8

B: enoyl-CoA hydratase echA8

C: enoyl-CoA hydratase echA8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: enoyl-CoA hydratase echA8

E: enoyl-CoA hydratase echA8

F: enoyl-CoA hydratase echA8

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3

A: enoyl-CoA hydratase echA8

B: enoyl-CoA hydratase echA8

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A: enoyl-CoA hydratase echA8

B: enoyl-CoA hydratase echA8

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4

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D: enoyl-CoA hydratase echA8

E: enoyl-CoA hydratase echA8

F: enoyl-CoA hydratase echA8

ヘテロ分子

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166 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.640, 133.170, 133.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-592- HOH
2	1	C-586- HOH
3	1	E-596- HOH
4	1	E-625- HOH

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	enoyl-CoA hydratase echA8 分子量: 27300.080 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: h37rv / 遺伝子: echA8, MT1100, MTV017.23c, Rv1070c / プラスミド: pVP16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P64016, UniProt: P9WNN9*PLUS, enoyl-CoA hydratase

#1: タンパク質

enoyl-CoA hydratase echA8

分子量: 27300.080 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: h37rv / 遺伝子: echA8, MT1100, MTV017.23c, Rv1070c / プラスミド: pVP16 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P64016, UniProt: P9WNN9*PLUS,

enoyl-CoA hydratase

-
非ポリマー , 5種, 856分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#5: 化合物	ChemComp-BCO / Butyryl Coenzyme A / S-{(3S,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} butanethioate (non-preferred name) / S-ブチリル補酵素A 分子量: 837.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₂N₇O₁₇P₃S
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 849 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	THE COMPOUND PUT DOWN FOR CRYSTALLIZATION IS CROTONYL COA. THE LIGAND (BCO) OBSERVED IN THE ENTRY ...THE COMPOUND PUT DOWN FOR CRYSTALLIZATION IS CROTONYL COA. THE LIGAND (BCO) OBSERVED IN THE ENTRY IS THE REACTION INTERMEDIATE AND THE LIGAND (COA) OBSERVED IN THE ENTRY COULD BE THE HYDROLYSED CROTONYL COA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M LiCl, and 20% glycerol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月23日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.38→20 Å / Num. all: 70756 / Num. obs: 70756 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.1 / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.38-2.44	3.7	0.489	3.41	0.489	1	97.6
2.44-2.49	3.8	0.446	3.89	0.446	1	97.9
2.49-2.53	3.8	0.408	4.33	0.408	1	98.1
2.53-2.58	3.7	0.372	4.89	0.372	1	98.4
2.58-2.64	3.8	0.35	5.2	0.35	1	98.8
2.64-2.7	3.8	0.311	5.73	0.311	1	98.8
2.7-2.77	3.7	0.295	6.33	0.295	1	98.7
2.77-2.84	3.7	0.26	7.5	0.26	1	98.9
2.84-2.93	3.7	0.232	8.28	0.232	1	99
2.93-3.02	3.7	0.198	10.21	0.198	1	98.5
3.02-3.13	3.7	0.17	12.13	0.17	1	98.9
3.13-3.25	3.7	0.142	14.71	0.142	1	98.8
3.25-3.4	3.7	0.118	18.16	0.118	1	99
3.4-3.58	3.7	0.102	22.58	0.102	1	98.7
3.58-3.8	3.9	0.091	26.05	0.091	1	98.6
3.8-4.09	4	0.082	30.42	0.082	1	98.6
4.09-4.5	4.2	0.072	35.31	0.072	1	97.9
4.5-5.14	4.4	0.062	37.53	0.062	1	97.6
5.14-6.44	4.4	0.058	35.44	0.058	1	97.6
6.44-20	4.3	0.041	44.15	0.041	1	95.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MJ3

1mj3

解像度: 2.38→19.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 18.789 / SU ML: 0.204 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.504 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28783	3444	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23312	-	-	-
obs	0.23588	64507	93.05 %	-
all	-	67951	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.544 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→19.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11126	0	121	849	12096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.023	11423
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.296	1.977	15469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.626	5	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.616	23.863	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.266	15	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.55	15	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8511
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.406	1.5	7531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.749	2	11914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.309	3	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.131	4.5	3547
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.38→2.443 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	102	-
R_work	0.241	2062	-
obs	-	-	41.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4913	-0.484	-0.2629	2.3899	-0.1338	1.4204	-0.0296	-0.4004	0.2753	0.3567	-0.0238	-0.0241	-0.2719	0.1611	0.0535	0.2084	-0.1122	-0.0242	0.1513	-0.0771	0.1394	21.2449	17.6509	-47.9608
2	0.7827	0.2909	-0.0832	0.3091	0.1056	1.1372	-0.0111	-0.0339	0.0407	0.0426	0.0112	-0.0935	-0.1102	0.2673	-0.0001	0.1143	-0.0405	-0.0063	0.163	0.0069	0.1756	20.3774	8.408	-61.8442
3	0.9117	0.4717	0.1331	0.6173	0.3331	1.0423	0.0797	-0.0416	-0.269	0.1266	-0.0247	-0.123	0.2726	0.1735	-0.055	0.1745	0.061	-0.0373	0.0724	0.0261	0.2252	11.3965	-20.7807	-57.106
4	32.4438	5.2168	22.3255	2.055	3.6209	15.3815	0.1196	-0.8364	-0.255	0.7746	0.1492	-0.1301	0.1362	-0.6223	-0.2687	0.4948	0.116	-0.0334	0.5153	0.0497	0.1028	15.121	-4.4101	-30.7324
5	1.0062	0.3737	0.6293	1.1747	-0.2006	1.218	-0.0983	0.3883	-0.0349	-0.2679	0.1423	-0.0259	-0.0786	0.1315	-0.0439	0.1428	-0.0129	0.0755	0.2913	-0.02	0.1011	15.2737	1.4485	-92.0285
6	0.8113	-0.0296	0.0703	0.871	-0.0573	0.5538	0.0188	0.1338	-0.1375	-0.0645	-0.0221	-0.1016	0.1082	0.2213	0.0033	0.1205	0.0318	0.0206	0.1938	-0.0459	0.1481	15.4482	-9.2304	-77.6593
7	2.4382	0.4787	-0.6166	2.4052	1.0188	2.391	0.1421	0.384	0.3032	-0.3431	0.006	0.1089	-0.4233	-0.2985	-0.1481	0.2104	0.1182	-0.0002	0.1481	0.0936	0.1337	27.5388	18.4017	-18.1699
8	0.623	-0.2401	0.0275	0.554	0.0285	1.016	0.0707	0.022	0.03	-0.0666	0.0101	0.1089	-0.1267	-0.2146	-0.0808	0.1168	0.0377	0.0165	0.1631	0.0329	0.1628	31.2791	8.4984	-5.8367
9	1.167	-0.4518	0.0556	0.4358	-0.1611	1.3211	0.1238	0.0335	-0.3026	-0.0932	0.0419	0.1602	0.3226	-0.1818	-0.1657	0.1958	-0.0879	-0.1203	0.0633	0.0106	0.2419	39.1523	-21.8396	-8.8623
10	12.139	3.3866	12.7515	1.8587	3.5	13.4021	0.0597	0.4177	-0.2117	-0.1869	0.1671	-0.0766	0.0618	0.4046	-0.2268	0.2439	0.0466	-0.0082	0.3064	0.034	0.122	38.5083	-2.4549	-31.3282
11	0.8936	0.3472	0.045	1.7572	-0.0855	1.4706	0.0182	-0.2937	-0.027	0.1806	0.0918	0.0721	-0.0688	-0.2783	-0.1099	0.1114	0.0013	0.0371	0.293	0.0438	0.0817	33.997	0.3643	22.1439
12	0.7382	-0.4904	0.0659	0.7766	0.1281	0.736	0.074	-0.176	-0.1615	0.0121	0.0546	0.1294	0.1629	-0.1769	-0.1285	0.1178	-0.0582	-0.045	0.1726	0.076	0.186	36.9182	-11.832	9.6247

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 231
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	232 - 254
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 88
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	89 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	76 - 255
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	2 - 224
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	225 - 254
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	3 - 133
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	134 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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