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Yorodumi- PDB-3hin: CRYSTAL STRUCTURE OF putative enoyl-CoA hydratase from Rhodopseud... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hin | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF putative enoyl-CoA hydratase from Rhodopseudomonas palustris CGA009 | ||||||
Components | Putative 3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / enoyl-CoA hydratase / Rhodopseudomonas palustris / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / MAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: CRYSTAL STRUCTURE OF putative enoyl-CoA hydratase from Rhodopseudomonas palustris CGA009 Authors: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hin.cif.gz | 110.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hin.ent.gz | 86.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hin.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hin | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29445.738 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) Strain: CGA009 / Gene: RPA1786 / Plasmid: BC-PSGX3(BC) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3)CODON+RIL References: UniProt: Q6N8W7, 3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 30% PEG 4000, 0.1 M TRIS HCL, 0.2 M sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 0.9791 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 16, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 32.16 / Number: 197214 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 7.31 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 42495 / % possible obs: 99.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 42979 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 7.308 / Net I/σ(I): 32.157 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / Num. unique all: 2149 / Χ2: 1.888 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→29.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.718 / SU B: 13.366 / SU ML: 0.158 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / SU Rfree: 0.187 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.187 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 103.78 Å2 / Biso mean: 41.015 Å2 / Biso min: 20 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→29.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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