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- PDB-3pg2: The Crystal structure of the major pilin GBS80 of Streptococcus a... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pg2 | ||||||
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Title | The Crystal structure of the major pilin GBS80 of Streptococcus agalactiae 35 kDa C-terminal fragment | ||||||
![]() | Cell wall surface anchor family protein | ||||||
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Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vengadesan, K. / Narayana, S.V.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: A Model for Group B Streptococcus Pilus Type 1: The Structure of a 35-kDa C-Terminal Fragment of the Major Pilin GBS80. Authors: Vengadesan, K. / Ma, X. / Dwivedi, P. / Ton-That, H. / Narayana, S.V.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 150.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 121.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 35137.160 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 200-518 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Genus: SAG0645 / Gene: GBS80, SAG0645 / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.72 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / pH: 5.5 Details: 25 % PEG MME 2000, 0.1 M MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 16, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→37.15 Å / Num. obs: 60630 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 2.81 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Highest resolution: 1.8 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.64 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→37.15 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 2424 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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