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Yorodumi- PDB-3pf8: Crystal structure of the Lactobacillus johnsonii cinnamoyl estera... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pf8 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Lactobacillus johnsonii cinnamoyl esterase LJ0536 | ||||||
Components | Cinnamoyl esterase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold / esterase / cinnamoyl/feruloyl esterase / hydroxycinammates / extracellular | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases / aminopeptidase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Lactobacillus johnsonii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.34 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Lai, K.K. / Vu, C. / Xu, X. / Cui, H. / Molloy, S. / Gonzalez, C.F. / Yakunin, A. / Savchenko, A. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2011 Title: An Inserted alpha/beta Subdomain Shapes the Catalytic Pocket of Lactobacillus johnsonii Cinnamoyl Esterase Authors: Lai, K.K. / Stogios, P.J. / Vu, C. / Xu, X. / Cui, H. / Molloy, S. / Savchenko, A. / Yakunin, A. / Gonzalez, C.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pf8.cif.gz | 205.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3pf8.ent.gz | 165.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pf8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/3pf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/3pf8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3pf9C 3pfbC 3pfcC 3qm1C 3s2zC 2wtnS 3pfa C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30026.502 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus johnsonii (bacteria) / Gene: LJ0536 / Plasmid: p15TV-L / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: D3YEX6, Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.1 M MES pH 6, 20% PEG10K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 15, 2009 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. all: 23389 / Num. obs: 23389 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 58.06 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 13.44 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB code 2WTN poly-alanine model Resolution: 2.34→31.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9182 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8376 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Displacement parameters | Biso mean: 56.29 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.404 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.34→31.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.34→2.44 Å / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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