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- PDB-3pct: Structure of the class C acid phosphatase from Pasteurella multocida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pct
タイトルStructure of the class C acid phosphatase from Pasteurella multocida
要素Class C acid phosphatase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
5-nucleotidase lipoprotein e(P4) / Acid phosphatase, class B-like / HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-nucleotidase, lipoprotein e(P4) family
類似検索 - 構成要素
生物種Pasteurella multocida (パスツレラ・ムルトシダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Singh, H. / Malinski, T.J. / Reilly, T.J. / Tanner, J.J.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure and immunogenicity of the class C acid phosphatase from Pasteurella multocida.
著者: Singh, H. / Malinski, T.J. / Reilly, T.J. / Henzl, M.T. / Tanner, J.J.
履歴
登録2010年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class C acid phosphatase
B: Class C acid phosphatase
C: Class C acid phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3023
ポリマ－87,3023
非ポリマー00
水10,323573
1
A: Class C acid phosphatase
B: Class C acid phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2012
ポリマ－58,2012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
2
C: Class C acid phosphatase

C: Class C acid phosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2012
ポリマ－58,2012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area21580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.980, 106.150, 89.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-502-

HOH

21C-515-

HOH

31C-573-

HOH

詳細The asymmetric unit contains a dimer formed by chains A and B. There is a third molecule in the asymmetric unit (chain C), and rotation of it around the crystallographic 2-fold axis (-x, y, -z) followed by translation of (1, 0, 0) generates the CC dimer.

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要素

#1: タンパク質 Class C acid phosphatase


分子量: 29100.637 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 21-272 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pasteurella multocida (パスツレラ・ムルトシダ)
遺伝子: acpC / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: B9VWB2, 酸性ホスファターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate, and 10% (v/v) n-propanol, pH 7, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→26.616 Å / Num. all: 62294 / Num. obs: 62294 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.85-1.952.50.2722.41988980500.27286.7
1.95-2.073.20.252.72779186210.2598.3
2.07-2.213.70.1813.73019682500.181100
2.21-2.393.60.1494.32802676840.14999.9
2.39-2.623.70.1165.42593970500.11699.9
2.62-2.933.70.0976.32362464040.09799.9
2.93-3.383.70.0827.42100456620.08299.9
3.38-4.143.70.0747.91780947940.07499.9
4.14-5.853.70.0688.51388737280.068100
5.85-27.5173.70.0658751920510.06599

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25data processing
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ET4

3et4


解像度: 1.85→26.616 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.02 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2672 3141 5.04 %random
Rwork0.2117 ---
obs0.2145 62271 97.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.529 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 106.97 Å2 / Biso mean: 23.5014 Å2 / Biso min: 3.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5149 Å20 Å2-6.4284 Å2
2--0.4749 Å20 Å2
3----2.9897 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→26.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5764 0 0 573 6337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9398054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041071
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6032090
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.87890.38291220.30452187230981
1.8789-1.90970.3231260.26792384251086
1.9097-1.94260.31711100.24822492260291
1.9426-1.97790.29891460.26292588273495
1.9779-2.0160.32361270.25012749287698
2.016-2.05710.30161470.243527082855100
2.0571-2.10180.32721450.235727482893100
2.1018-2.15070.29341430.23127632906100
2.1507-2.20450.29541540.221727332887100
2.2045-2.2640.32181520.22327152867100
2.264-2.33060.29571300.210827462876100
2.3306-2.40580.31211410.206627512892100
2.4058-2.49170.29041510.217127492900100
2.4917-2.59140.29261470.211227252872100
2.5914-2.70920.26081360.213427582894100
2.7092-2.85190.27941430.224227632906100
2.8519-3.03040.25481490.216527722921100
3.0304-3.2640.26751370.217927342871100
3.264-3.59170.25371580.206227422900100
3.5917-4.10980.21861640.180427562920100
4.1098-5.17170.20811500.166327682918100
5.1717-26.61850.23151630.198127992962100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.452-0.14160.29330.2876-0.0520.4579-0.0783-0.04090.10290.02080.0163-0.0226-0.01-0.09680.05770.0493-0.0431-0.02190.08140.01580.072820.986124.099131.7782
20.2822-0.05050.35840.1736-0.09090.46990.03430.0488-0.021-0.0265-0.0138-0.00450.10520.0807-0.01690.0857-0.0414-0.01240.08210.03460.038631.29873.092425.6879
30.2024-0.11870.27460.4689-0.29950.69690.06240.0737-0.0189-0.0838-0.09880.02140.13780.13050.03040.04760.0211-0.00790.03790.02310.03548.414863.4272-8
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA3 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB6 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC3 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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