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Yorodumi- PDB-3pct: Structure of the class C acid phosphatase from Pasteurella multocida -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pct | ||||||
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Title | Structure of the class C acid phosphatase from Pasteurella multocida | ||||||
Components | Class C acid phosphatase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / outer membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pasteurella multocida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Singh, H. / Malinski, T.J. / Reilly, T.J. / Tanner, J.J. | ||||||
Citation | Journal: Arch.Biochem.Biophys. / Year: 2011 Title: Crystal structure and immunogenicity of the class C acid phosphatase from Pasteurella multocida. Authors: Singh, H. / Malinski, T.J. / Reilly, T.J. / Henzl, M.T. / Tanner, J.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pct.cif.gz | 304.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3pct.ent.gz | 248.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pct.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/3pct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/3pct | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3et4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | The asymmetric unit contains a dimer formed by chains A and B. There is a third molecule in the asymmetric unit (chain C), and rotation of it around the crystallographic 2-fold axis (-x, y, -z) followed by translation of (1, 0, 0) generates the CC dimer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 29100.637 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 21-272 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pasteurella multocida (bacteria) / Gene: acpC / Plasmid: pET20b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: B9VWB2, acid phosphatase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 7 Details: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate, and 10% (v/v) n-propanol, pH 7, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: Aug 1, 2007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→26.616 Å / Num. all: 62294 / Num. obs: 62294 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 10.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3ET4 Resolution: 1.85→26.616 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.02 / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.529 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.97 Å2 / Biso mean: 23.5014 Å2 / Biso min: 3.07 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→26.616 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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