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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pbj | ||||||
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タイトル | Hydrolytic catalysis and structural stabilization in a designed metalloprotein | ||||||
要素 | COIL SER L9L-Pen L23H | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / PARALLEL THREE-STRANDED COILED COIL / MERCURY(II) BINDING PROTEIN / ZINC(II) BINDING PROTEIN / L-PENICILLAMINE | ||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | artificial gene (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zastrow, M.L. / Peacock, A.F.A. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Chem / 年: 2012 タイトル: Hydrolytic catalysis and structural stabilization in a designed metalloprotein. 著者: Zastrow, M.L. / Peacock, A.F. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pbj.cif.gz | 80.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pbj.ent.gz | 66.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pbj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/3pbj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/3pbj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3378.892 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) artificial gene (人工物) |
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-非ポリマー , 5種, 79分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 200 mM NaCl, 28% PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月11日 / 詳細: C(111) CRYSTAL |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 7625 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 40.14 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→26.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9521 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9345 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 51.44 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.388 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→26.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.46 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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