PDB-3pac: Crystal structure of PduT a trimeric bacterial microcompartment p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pac

タイトル

Crystal structure of PduT a trimeric bacterial microcompartment protein with 4Fe-4S cluster binding site

要素

Shell protein

キーワード

ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) /

BMC Domain / Shell Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Bacterial microcompartment shell protein PduT / BMC (bacterial microcompartment) domain /

BMC domain /

Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Citrobacter freundii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Pang, A.H. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of PduT, a trimeric bacterial microcompartment protein with a 4Fe-4S cluster-binding site
著者: Pang, A. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W.

履歴

登録	2010年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pac.cif.gz	46 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pac.ent.gz	32.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pac.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/3pac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/3pac	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3n79-1 3nwg-2 2jkj-4 3sss-d 4ox6-1 2jkj-2 3mpw-1 1ut1-1 5dii-1 3mpw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (5) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Shell protein

21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Shell protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.680, 67.680, 62.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Shell protein / PduT microcompartment shell protein 分子量: 21226.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア) 遺伝子: pduT / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1VB78
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.34 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M NaCl, 0.1M Bicine, 25% PEG 550, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-1	1	0.933
シンクロトロン	Diamond	I04	2	1.141

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2009年10月30日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2010年7月17日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Silicon 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Silicon 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.933	1
2	1.141	1

反射

解像度: 1.86→33.84 Å / Num. all: 13647 / Num. obs: 13647 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 21.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.035 / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 18.5

反射シェル

解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1979 / R_sym value: 0.58 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.86→29.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 3.807 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2515	1372	10.1 %	RANDOM
R_work	0.19862	-	-	-
obs	0.20394	12258	99.96 %	-
all	-	13647	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.825 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→29.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1317	0	0	38	1355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.068	1.967	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.358	5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.079	25	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.148	15	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.685	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	954
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.381	1.5	904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.391	2	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.03	3	436
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.323	4.5	367
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.861→1.909 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	98	-
R_work	0.275	901	-
obs	-	1979	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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