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- PDB-3p30: crystal structure of the cluster II Fab 1281 in complex with HIV-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p30
タイトルcrystal structure of the cluster II Fab 1281 in complex with HIV-1 gp41 ectodomain
要素
  • 1281 Fab heavy chain
  • 1281 Fab light chain
  • HIV-1 gp41
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / gp41 / cluster 2 / Fab / 6-helix bundle
機能・相同性Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Frey, G. / Chen, J. / Rits-Volloch, S. / Freeman, M.M. / Zolla-Pazner, S. / Chen, B.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Distinct conformational states of HIV-1 gp41 are recognized by neutralizing and non-neutralizing antibodies.
著者: Frey, G. / Chen, J. / Rits-Volloch, S. / Freeman, M.M. / Zolla-Pazner, S. / Chen, B.
履歴
登録2010年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 gp41
L: 1281 Fab light chain
H: 1281 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7783
ポリマ－57,7783
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area13300 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)115.830, 115.830, 119.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 gp41


分子量: 11177.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 ENV / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 抗体 1281 Fab light chain


分子量: 22616.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA CELL / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 1281 Fab heavy chain


分子量: 23983.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA CELL / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE GEN BANK ACCESSION CODE FOR 'HIV-1 ENV' 92UG037.8 (HIV1, SAMPLE 037 CLONE 08 ...AUTHORS STATE THAT THE GEN BANK ACCESSION CODE FOR 'HIV-1 ENV' 92UG037.8 (HIV1, SAMPLE 037 CLONE 08 FROM UGANDA (HIV192UG037WHO.01083hED) IS U09127

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97916
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月18日
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY-COOLED SINGLE CRYSTAL SI(111) SIDE BOUNCE MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→33.44 Å / Num. obs: 8478 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3.31→3.45 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→33.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 93.97 / SU ML: 0.654 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.65 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 472 5.3 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.262 8478 99.5 %-
all-8478 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 130.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→33.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3770 0 0 0 3770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0213865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7431.9495311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.2595517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.17424.538130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.22515522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7141510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0451.52595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.08424148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.10531270
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.1984.51163
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 31 -
Rwork0.378 640 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9909-0.67980.38024.49471.00797.9495-0.22120.0228-0.5093-0.1534-0.2031-0.00250.5172-0.67450.42420.14880.02420.02280.21860.00380.0458-0.265-7.01611.312
27.5304-1.0434-0.93247.9998-2.6114.5226-0.4241-0.6063-0.28670.22540.2507-0.9696-0.03350.52150.17350.10730.10590.06520.40960.0670.29319.093-23.09415.078
323.6055-4.36072.381829.9277-3.112511.23631.78660.8812-1.0261-3.661-0.3826-1.21032.13680.7269-1.40391.37320.75870.32951.1216-0.27211.705935.465-58.90913.295
422.0589-11.72610.544215.4486-3.33812.1127-0.648-3.0381-1.17241.52692.6639-0.7532-0.0384-0.2352-2.01590.88190.48690.17741.13140.04771.250330.193-50.97526.161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2L4 - 115
3X-RAY DIFFRACTION2H1 - 128
4X-RAY DIFFRACTION3H129 - 226
5X-RAY DIFFRACTION4L116 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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