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- PDB-3oq5: Crystal structure of the 3-MBT domain from human L3MBTL1 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oq5
タイトルCrystal structure of the 3-MBT domain from human L3MBTL1 in complex with p53K382me1
要素
  • Cellular tumor antigen p53P53遺伝子
  • Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / L(3)MBT-LIKE PROTEIN / protein lysine methyltransferase / malignant brain tumor / Chromatin regulator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Repressor (リプレッサー) / Transcription regulation / Zinc-finger (ジンクフィンガー) / Chromosomal protein (染色体) / Methylation (メチル化) / Three-Leaved Beta-Propeller / p53 (P53遺伝子)
機能・相同性
機能・相同性情報


SAM domain binding / chromatin lock complex / regulation of megakaryocyte differentiation / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator ...SAM domain binding / chromatin lock complex / regulation of megakaryocyte differentiation / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / 転写 (生物学) / bone marrow development / circadian behavior / histone deacetylase regulator activity / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / germ cell nucleus / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / 微小管形成中心 / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of glial cell proliferation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / negative regulation of neuroblast proliferation / regulation of mitotic nuclear division / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / positive regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of DNA replication / ER overload response / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / T cell proliferation involved in immune response / cardiac septum morphogenesis / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Zygotic genome activation (ZGA) / necroptotic process / rRNA transcription / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / マイトファジー / 造血 / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / general transcription initiation factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional Regulation by VENTX / response to X-ray / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / ヘイフリック限界 / chromosome organization / neuroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to UV-C / : / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / glial cell proliferation / embryonic organ development / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Pyroptosis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / hematopoietic progenitor cell differentiation / cellular response to glucose starvation / cellular response to actinomycin D / nucleosome binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / somitogenesis / heterochromatin formation / type II interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / gastrulation
類似検索 - 分子機能
: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / mbt repeat ...: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / mbt repeat / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / SH3 type barrels. - #140 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
P53遺伝子 / P53遺伝子 / Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5005 Å
データ登録者Roy, S. / West, L.E. / Weiner, K.L. / Hayashi, R. / Shi, X. / Appella, E. / Gozani, O. / Kutateladze, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: The MBT Repeats of L3MBTL1 Link SET8-mediated p53 Methylation at Lysine 382 to Target Gene Repression.
著者: West, L.E. / Roy, S. / Lachmi-Weiner, K. / Hayashi, R. / Shi, X. / Appella, E. / Kutateladze, T.G. / Gozani, O.
履歴
登録2010年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
D: Cellular tumor antigen p53
E: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9975
ポリマ－119,9975
非ポリマー00
水8,935496
1
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
D: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4302
ポリマ－40,4302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15540 Å2
手法PISA
2
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1371
ポリマ－39,1371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein
E: Cellular tumor antigen p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4302
ポリマ－40,4302
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.080, 109.080, 90.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 206:309 or resseq 314:518 )
211chain B and (resseq 206:309 or resseq 314:518 )
311chain C and (resseq 206:309 or resseq 314:518 )

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要素

#1: タンパク質 Lethal(3)malignant brain tumor-like protein / L(3)mbt-like / H-l(3)mbt protein / H-l(3)mbt / L(3)mbt protein homolog / L3MBTL1


分子量: 39136.637 Da / 分子数: 3 / 断片: MBT Repeats residues 191-530 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: L3MBTL, KIAA0681, L3MBT, L3MBTL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9Y468
#2: タンパク質・ペプチド Cellular tumor antigen p53 / P53遺伝子


分子量: 1293.623 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal residues 377-386 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5U0E4, UniProt: P04637*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.8, 4% PEG 4000 and 0.1 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.651 Å / Num. obs: 41472 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.28 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4189 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RJE

2rje


解像度: 2.5005→46.651 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 2086 5.03 %Random
Rwork0.205 ---
obs0.2066 41449 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.959 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.181 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.181 Å20 Å2
3----12.3619 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5005→46.651 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7547 0 0 496 8043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067841
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78110714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.182796
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551070
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041397
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2509X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2509X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.087
13C2509X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.086
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5005-2.55870.33361510.31542625X-RAY DIFFRACTION95
2.5587-2.62260.37241410.31852656X-RAY DIFFRACTION95
2.6226-2.69350.38691390.32412568X-RAY DIFFRACTION95
2.6935-2.77270.31091460.31382661X-RAY DIFFRACTION95
2.7727-2.86220.28361250.30452614X-RAY DIFFRACTION95
2.8622-2.96440.29771330.28252636X-RAY DIFFRACTION95
2.9644-3.0830.24511310.26392614X-RAY DIFFRACTION95
3.083-3.22320.22451540.2342624X-RAY DIFFRACTION94
3.2232-3.3930.25181350.19732610X-RAY DIFFRACTION95
3.393-3.60530.21081340.18812638X-RAY DIFFRACTION95
3.6053-3.88320.18131430.16522615X-RAY DIFFRACTION95
3.8832-4.27320.19341390.15472628X-RAY DIFFRACTION95
4.2732-4.88980.19121320.14772613X-RAY DIFFRACTION95
4.8898-6.15390.22151530.17642609X-RAY DIFFRACTION94
6.1539-32.59290.2521300.20322629X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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