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万見
- PDB-3od9: Crystal structure of PliI-Ah, periplasmic lysozyme inhibitor of I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3od9
タイトルCrystal structure of PliI-Ah, periplasmic lysozyme inhibitor of I-type lysozyme from Aeromonas hydrophyla
要素Putative exported protein
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / beta sandwich / C-terminal helix
機能・相同性
機能・相同性情報


Periplasmic lysozyme inhibitor of I-type lysozyme / Periplasmic lysozyme inhibitor, I-type / PliI superfamily / Periplasmic lysozyme inhibitor of I-type lysozyme / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Putative exported protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.411 Å
データ登録者Leysen, S. / Van Herreweghe, J.M. / Callewaert, L. / Heirbaut, M. / Buntinx, P. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis of Bacterial Defense against Host Lysozymes: X-ray Structures of Periplasmic Lysozyme Inhibitors PliI and PliC.
著者: Leysen, S. / Van Herreweghe, J.M. / Callewaert, L. / Heirbaut, M. / Buntinx, P. / Michiels, C.W. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2010年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative exported protein
B: Putative exported protein
C: Putative exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,37915
ポリマ－44,0713
非ポリマー30812
水9,620534
1
A: Putative exported protein
B: Putative exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,62011
ポリマ－29,3802
非ポリマー2399
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
2
C: Putative exported protein
ヘテロ分子

C: Putative exported protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5188
ポリマ－29,3802
非ポリマー1386
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area2280 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area11720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.021, 60.327, 82.187
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.650, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-180-

HOH

21A-186-

HOH

31C-395-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative exported protein


分子量: 14690.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)
株: ATCC 7966 / NCIB 9240 / 遺伝子: AHA_1205 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0KHJ5
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.98
詳細: 1.2M sodium phosphate, 0.8M potassium hydrogen phosphate, 0.1M CAPS, 0.2M LiCl, pH 6.98, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→47.29 Å / Num. obs: 79434 / % possible obs: 91.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.411→46.435 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.8863 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1972 4014 5.05 %
Rwork0.161 --
obs0.1629 79420 91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 79.977 Å2 / ksol: 0.405 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 69.29 Å2 / Biso mean: 29.7248 Å2 / Biso min: 12.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.3507 Å2-0 Å2-1.7134 Å2
2--2.4135 Å2-0 Å2
3----7.3247 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.411→46.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 0 12 534 3280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0753884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7671068
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.411-1.4280.267560.25531458151450
1.428-1.44540.3122900.23521563165355
1.4454-1.46370.2829950.21031718181361
1.4637-1.4830.2627980.20431905200367
1.483-1.50330.26761140.19951998211271
1.5033-1.52480.23151230.17662251237479
1.5248-1.54750.1891250.17992505263088
1.5475-1.57170.25251450.15562762290796
1.5717-1.59750.17911300.14652758288898
1.5975-1.6250.18161490.14222796294598
1.625-1.65460.18021490.13832780292998
1.6546-1.68640.17721480.13642803295198
1.6864-1.72080.19851580.13092772293098
1.7208-1.75830.16661420.12892833297598
1.7583-1.79920.17351610.12672763292499
1.7992-1.84420.17871260.1322843296999
1.8442-1.8940.16861770.12612794297199
1.894-1.94980.17061380.12582810294899
1.9498-2.01270.14211260.1312852297899
2.0127-2.08460.16081340.13582867300199
2.0846-2.16810.17961660.13352793295999
2.1681-2.26680.15451660.13462842300899
2.2668-2.38630.16521420.14482856299899
2.3863-2.53580.22321600.163628292989100
2.5358-2.73150.2111700.163328473017100
2.7315-3.00640.19311480.159328673015100
3.0064-3.44130.18671710.146228553026100
3.4413-4.33510.18341490.143728893038100
4.3351-46.45990.22361580.1972797295595

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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