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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o7v | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human Hiwi1 (V361M) PAZ domain (residues 277-399) in complex with 14-mer RNA (12-bp + 2-nt overhang) containing 2'-OCH3 at its 3'-end | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Piwi / RNA silencing / pi-RNA / Hiwi1 / Hili / PAZ domain / RNA binding protein (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / piRNA binding / : / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ ...primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / piRNA binding / : / sperm DNA condensation / chromatoid body / dense body / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / P granule / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / spermatid development / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / regulation of translation / 精子形成 / single-stranded RNA binding / mRNA binding / protein kinase binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Tian, Y. / Simanshu, D.K. / Ma, J.-B. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Inaugural Article: Structural basis for piRNA 2'-O-methylated 3'-end recognition by Piwi PAZ (Piwi/Argonaute/Zwille) domains. 著者: Tian, Y. / Simanshu, D.K. / Ma, J.B. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o7v.cif.gz | 73.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o7v.ent.gz | 58 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o7v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o7v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14704.156 Da / 分子数: 1 / 断片: PAZ domain (UNP Residues 276-399) / 変異: V361M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIWI, Piwi-like protein 1, PIWIL1 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96J94 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 4438.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.26 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1-5% PEG3350, 50 mM NaCl, 50 mM Na-acetate buffer, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD 詳細: Cryogenically-cooled double crystal Si(111) monochromator. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled Si(111) double crystal. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 9244 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.183 / Net I/σ(I): 38.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.2923 / WRfactor Rwork: 0.2426 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7982 / SU B: 15.624 / SU ML: 0.18 / SU R Cruickshank DPI: 0.2824 / SU Rfree: 0.2231 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.04 Å2 / Biso mean: 38.1136 Å2 / Biso min: 16.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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