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- PDB-3o5z: Crystal structure of the SH3 domain from p85beta subunit of phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o5z
タイトルCrystal structure of the SH3 domain from p85beta subunit of phosphoinositide 3-kinase (PI3K)
要素Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Src homology 3 domain (SH3ドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


IRS-mediated signalling / regulation of actin filament polymerization / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / RHOF GTPase cycle / regulation of stress fiber assembly / RHOD GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions ...IRS-mediated signalling / regulation of actin filament polymerization / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / RHOF GTPase cycle / regulation of stress fiber assembly / RHOD GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions / RND1 GTPase cycle / Costimulation by the CD28 family / RND2 GTPase cycle / PI3K/AKT activation / RND3 GTPase cycle / negative regulation of MAPK cascade / RHOB GTPase cycle / Signaling by ALK / RHOJ GTPase cycle / intracellular glucose homeostasis / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / positive regulation of cell adhesion / T cell differentiation / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / regulation of protein localization to plasma membrane / Interleukin receptor SHC signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / GPVI-mediated activation cascade / Tie2 Signaling / RAC1 GTPase cycle / Interleukin-7 signaling / phosphotyrosine residue binding / response to endoplasmic reticulum stress / Downstream signal transduction / B cell differentiation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / regulation of autophagy / Regulation of signaling by CBL / Signaling by SCF-KIT / receptor tyrosine kinase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to insulin stimulus / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / protein transport / Downstream TCR signaling / PIP3 activates AKT signaling / DAP12 signaling / insulin receptor signaling pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / G alpha (q) signalling events / protein phosphatase binding / Extra-nuclear estrogen signaling / 免疫応答 / protein heterodimerization activity / focal adhesion / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein ...Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta, SH3 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SH3 Domains / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Chen, S. / Xiao, Y. / Ponnusamy, R. / Tan, J. / Lei, J. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: X-ray structure of the SH3 domain of the phosphoinositide 3-kinase p85 beta subunit
著者: Chen, S. / Xiao, Y. / Ponnusamy, R. / Tan, J. / Lei, J. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2010年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22014年9月10日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8115
ポリマ－19,6222
非ポリマー1893
水41423
1
A: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8472
ポリマ－9,8111
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9653
ポリマ－9,8111
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.010, 57.790, 62.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit beta / PtdIns-3-kinase regulatory subunit beta / PI3-kinase regulatory subunit beta / PI3K regulatory ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit beta / PI3-kinase regulatory subunit beta / PI3K regulatory subunit beta / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit beta / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-beta / PI3-kinase subunit p85-beta


分子量: 9811.126 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3 domain, UNP residues 6-90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00459
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.34 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% MPD, 0.1M sodium cacodylate, 0.05M calcium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→21.4 Å / Num. all: 11654 / Num. obs: 11641 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.01→2.12 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1665 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 48.37 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å23.7 Å
Translation2.5 Å23.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→21.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.2598 / WRfactor Rwork: 0.206 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.789 / SU B: 13.919 / SU ML: 0.171 / SU R Cruickshank DPI: 0.2084 / SU Rfree: 0.1843 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2589 864 7.4 %RANDOM
Rwork0.2119 ---
all0.2119 11654 --
obs0.2156 11641 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.27 Å2 / Biso mean: 53.1861 Å2 / Biso min: 6.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→21.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1250 0 10 23 1283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8841.9961747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6535158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.06322.12166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.55515194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7291518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0221034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0271.5792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52221261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5573496
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7624.5486
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.062 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 47 -
Rwork0.271 793 -
all-840 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.0456-13.61514.320815.84083.01385.3392-0.3991.0393-0.45431.432-0.26122.71560.7781-1.84660.66020.2818-0.00330.22480.55110.21261.16652.469514.21076.7651
212.00110.4091-5.644811.04831.12446.375-0.01761.1622-0.2161-1.10360.04960.4454-0.254-0.2897-0.0320.1971-0.0054-0.11170.3087-0.03890.109616.98659.7898-1.8585
37.9562-2.49650.544711.289-8.870439.47750.2237-0.2121-1.4523-0.2786-0.1882-1.46181.21231.2048-0.03540.11750.0306-0.08520.3469-0.03190.605525.32483.00584.7644
410.0695-0.228311.717716.81965.5227.11730.7929-0.2803-1.16611.54550.1277-0.97470.0369-0.3428-0.92060.4003-0.0529-0.29930.50920.20070.483524.89224.871913.6495
58.26950.0303-0.90596.90643.888620.58910.37950.1739-1.5376-0.12710.2899-0.65750.6430.5638-0.66940.14020.0205-0.09190.1469-0.07360.353219.96762.78662.2655
65.68091.2796-5.12875.74078.377810.02880.0490.1246-0.4419-0.14770.05070.1446-0.1872-0.3414-0.09970.2484-0.0103-0.07570.30320.00660.577811.6586.54332.8066
79.6903-0.9924-3.582739.85727.20242.78250.1991-0.562-0.1111.7558-0.0631.4572-0.6586-0.9511-0.1360.54120.0480.26430.51280.02360.17667.917916.164113.94
88.5253-7.66026.647811.8298-7.529114.0572-0.1081-0.8631-0.26561.42620.34991.1144-0.0604-0.6359-0.24190.35-0.04520.12790.3313-0.0850.217310.922221.972411.4808
98.5838-0.7984-0.824614.3731-1.013812.21020.11240.19481.25020.31410.0335-0.069-0.3289-0.1093-0.14580.194-0.0024-0.0180.1819-0.04010.157213.977120.4843.5987
101.2298-7.36951.525510.90020.21032.84620.0106-0.08150.20541.09790.1967-0.42370.0892-0.0257-0.20730.4579-0.0386-0.06160.3481-0.01820.16117.981613.06559.8553
110.7333-0.88886.894223.55761.770213.04490.945-0.0738-1.254-0.1904-0.44830.40460.8591-0.3708-0.49680.2152-0.0344-0.21280.18570.00430.641612.20740.4574.2696
127.41122.58085.90136.06851.337211.31490.6216-1.6043-1.480.9894-0.4620.67430.452-0.6749-0.15970.367-0.0631-0.22980.40540.24390.671913.56311.843510.3192
1313.7774-2.37413.136613.977-0.97274.70820.08380.32060.0627-0.32590.0221-0.40590.1054-0.0011-0.10590.1646-0.0129-0.0450.2365-0.0320.072617.716312.7112.0217
1415.73153.89510.762810.65227.7656-2.9482-0.0484-0.0597-1.06250.4773-0.01662.13480.5014-0.10560.06490.1976-0.0146-0.07280.34450.07591.02643.083710.37473.9059
153.7657-1.43281.02634.7567-11.722515.4067-0.1582-0.40681.11152.10420.0440.708-0.48780.40630.11420.9411-0.12980.35820.4074-0.15820.643430.31227.082534.6493
162.38291.12558.48156.2584-7.856815.7766-0.13960.28620.4364-0.5607-0.3269-0.78470.60191.55280.46640.3399-0.11430.04260.58870.04260.548138.975611.332522.5696
1715.26857.75815.199412.3082.78847.1965-0.71660.75750.7912-0.4810.4651-0.4134-1.59930.66020.25140.6115-0.12560.0220.3740.12240.380630.860515.880114.7783
180.0244-11.6247-6.98326.25134.639919.13260.26110.66570.6011-0.3358-0.88840.099-1.5894-0.77590.62730.5835-0.0461-0.18310.35870.18930.660827.346116.563118.9733
1919.1594-3.32422.902518.0463-1.4585-7.5496-0.15570.52570.84430.5724-0.0988-0.1903-0.20570.63680.25450.6104-0.3958-0.11790.54190.05380.344737.549515.496627.5375
204.23572.30150.51767.25242.06715.61950.2605-0.6430.62921.1242-0.33041.4866-0.4462-0.65370.06990.3164-0.00840.11530.2327-0.02190.456923.04545.952331.3189
2113.30882.53182.803221.424-0.0716-1.1671-0.0036-0.0699-0.24250.39510.09581.6668-0.5712-0.1845-0.09210.23760.02220.05840.22350.00920.332122.5999-1.786528.7318
2217.73922.6217-11.440317.1839-3.667521.8060.1561-0.6306-0.52890.4423-0.26350.24210.06690.730.10750.1171-0.042-0.05130.151-0.01450.178531.9038-0.649329.4265
230.86182.32182.326117.384-6.79093.5473-0.18060.17790.3534-0.2430.06151.27720.0685-0.03450.11910.2237-0.0246-0.08930.24960.07380.458427.80154.810722.3104
24-3.0256-8.9803-13.755120.9471-2.945726.31650.5676-1.57070.19882.8516-0.61250.6769-2.53711.51420.04490.8982-0.11770.01890.3237-0.01050.501230.600517.764130.6522
259.0781-1.45861.05418.35110.72797.3874-0.0350.15061.43791.0584-0.0661.6361-1.6844-0.25320.1010.6028-0.04160.06320.09370.09050.639127.266317.229626.6662
266.132-1.24144.542518.8323-3.68219.30350.0170.25270.0947-0.5668-0.0171-0.371-0.11961.40.00020.1253-0.0475-0.05320.2950.01390.122335.9126.650224.033
275.6708-2.7407-6.89745.36364.3122.2243-0.1047-1.54131.08272.1590.05730.8038-0.41710.29390.04740.8271-0.05810.10890.5281-0.09350.375731.3275.802937.6454
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2A9 - 13
3X-RAY DIFFRACTION3A14 - 17
4X-RAY DIFFRACTION4A18 - 22
5X-RAY DIFFRACTION5A23 - 27
6X-RAY DIFFRACTION6A28 - 33
7X-RAY DIFFRACTION7A34 - 40
8X-RAY DIFFRACTION8A41 - 47
9X-RAY DIFFRACTION9A48 - 53
10X-RAY DIFFRACTION10A54 - 59
11X-RAY DIFFRACTION11A60 - 64
12X-RAY DIFFRACTION12A65 - 69
13X-RAY DIFFRACTION13A70 - 77
14X-RAY DIFFRACTION14A78 - 84
15X-RAY DIFFRACTION15B5 - 10
16X-RAY DIFFRACTION16B11 - 15
17X-RAY DIFFRACTION17B16 - 19
18X-RAY DIFFRACTION18B20 - 24
19X-RAY DIFFRACTION19B25 - 30
20X-RAY DIFFRACTION20B31 - 39
21X-RAY DIFFRACTION21B40 - 47
22X-RAY DIFFRACTION22B48 - 52
23X-RAY DIFFRACTION23B53 - 58
24X-RAY DIFFRACTION24B59 - 63
25X-RAY DIFFRACTION25B64 - 70
26X-RAY DIFFRACTION26B71 - 76
27X-RAY DIFFRACTION27B77 - 82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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