PDB-3o4w: Crystal structure of dimeric KlHxk1 in crystal form IV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3o4w

タイトル

Crystal structure of dimeric KlHxk1 in crystal form IV

要素

Hexokinase

ヘキソキナーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / RNASEH-LIKE FOLD /

HEXOKINASE (ヘキソキナーゼ) /

GLYCOLYSIS (解糖系) / GLUCOSE REPRESSION /

ATP BINDING (アデノシン三リン酸) / MIG1 BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

hexose metabolic process /

ヘキソキナーゼ /

fructokinase activity /

glucokinase activity /

D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces lactis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Kuettner, E.B. / Kettner, K. / Keim, A. / Kriegel, T.M. / Strater, N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Hexokinase KlHxk1 of Kluyveromyces lactis: A MOLECULAR BASIS FOR UNDERSTANDING THE CONTROL OF YEAST HEXOKINASE FUNCTIONS VIA COVALENT MODIFICATION AND OLIGOMERIZATION.
著者: Kuettner, E.B. / Kettner, K. / Keim, A. / Svergun, D.I. / Volke, D. / Singer, D. / Hoffmann, R. / Muller, E.C. / Otto, A. / Kriegel, T.M. / Strater, N.

履歴

登録	2010年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3o4w.cif.gz	398.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3o4w.ent.gz	323.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3o4w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o4w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o08SC 3o1bC 3o1wC 3o5bC 3o6wC 3o80C 3o8mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o1w-d 3o5b-d 3o08-d 4jax-3 3o1b-1 4jax-2 5mzm-d 5e8o-d 5xto-d 7cu1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Hexokinase

B: Hexokinase

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.710, 91.990, 92.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Hexokinase / ヘキソキナーゼ分子量: 53672.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 株: CBS2359/152 / 遺伝子: KLLA0D11352g, RAG5 / プラスミド: pTSRAG5 / 発現宿主: Kluyveromyces lactis (酵母) / 株 (発現宿主): JA6-delta-rag5 / 参照: UniProt: P33284, ヘキソキナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer) 分子量: 207.290 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 819 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 1MICROL RESERVOIR + 1MICROL PROTEIN, RESERVOIR: 2.5M AMMONIA SULFATE, 0.1M CHES PH 9.5, PROTEIN: 10MG/ML KLHXK1, 10MM TRIS PH 7.4, 1MM EDTA, 1MM DTT, 0.5MM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月10日 / 詳細: Si, coated with 200 layers of Mo/Si
放射	モノクロメーター: Si - 111 triangular crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→30 Å / Num. all: 149205 / Num. obs: 129734 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.3 Å² / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 1.61→1.65 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 10853 / R_sym value: 0.508 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3O08

3o08

解像度: 1.61→29.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 3.356 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FULL B FACTORS AND ANISO RECORDS WERE COMPUTED BY CCP4 PROGRAMM TLSANL.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21996	1293	1 %	RANDOM
R_work	0.16943	-	-	-
obs	0.16992	128436	87.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.265 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0 Å²	0.43 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→29.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7526	0	154	819	8499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	7854
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.094	1.997	10636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.978	5	966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.057	25.104	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.964	15	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.111	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.14	0.2	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	5789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.985	3	4811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.858	4	7793
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.559	6	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.848	9	2843
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.61→1.652 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	121	-
R_work	0.216	10700	-
obs	-	-	98.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4027	0.0112	0.1125	0.6101	-0.713	1.619	-0.0176	-0.063	-0.0258	0.0188	-0.0175	-0.0292	0.0518	0.0389	0.0351	0.0099	0.0063	0.0011	0.0245	-0.0157	0.0393	11.8432	1.055	21.6068
2	1.1147	0.7043	-0.5326	1.9782	-0.0084	1.0078	-0.0351	0.0141	-0.054	-0.0913	-0.0167	0.0467	0.0753	-0.0235	0.0518	0.0316	-0.0043	-0.0092	0.0303	-0.0097	0.0133	-3.144	-2.8701	-5.41
3	0.4512	-0.0398	-0.1657	0.6491	0.8048	1.8069	-0.0332	0.0233	-0.035	-0.0211	-0.0199	0.0245	-0.0144	-0.0486	0.0531	0.0069	0.0018	-0.0047	0.0203	0.0102	0.0362	-28.7127	-1.522	28.6563
4	2.4011	-0.5635	-0.8404	2.2104	0.391	2.0804	-0.1422	-0.0322	-0.2381	0.2046	0.1073	-0.2018	0.2792	0.1593	0.0349	0.0761	0.0213	-0.0181	0.061	-0.006	0.0585	-12.9701	-1.9353	55.8456

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	210 - 456
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	77 - 209
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	457 - 485
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	210 - 456
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	77 - 209
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	457 - 485

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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