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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o3v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ClbP peptidase domain | ||||||
要素 | beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta / disulfide bridge (ジスルフィド) | ||||||
機能・相同性 | Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Dubois, D. / Cougnoux, A. / Delmas, J. / Bonnet, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: ClbP x-ray structure, the prototype of a peptidase family associated to NRP production 著者: Dubois, D. / Baron, O. / Cougnoux, A. / Delmas, J. / Pradel, N. / Nougayrede, J.P. / Robin, F. / Oswald, E. / Bonnet, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o3v.cif.gz | 196.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o3v.ent.gz | 163.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o3v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/3o3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/3o3v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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詳細 | BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN AS PER AUTHORS |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36800.004 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 38-372 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: IHE3034 / 遺伝子: clbp, ECOK1_2171 / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5D5I9, Β-ラクタマーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: potassium phosphate 1.2M, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月28日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9765 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→19.94 Å / Num. obs: 39793 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.384 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2894 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.94 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2565 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
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