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Yorodumi- PDB-5e2g: Crystal Structure of D-alanine Carboxypeptidase AmpC from Burkhol... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5e2g | ||||||
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Title | Crystal Structure of D-alanine Carboxypeptidase AmpC from Burkholderia cenocepacia | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia cenocepacia (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.651 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of D-alanine Carboxypeptidase AmpC from Burkholderia cenocepacia Authors: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5e2g.cif.gz | 289.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5e2g.ent.gz | 244.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5e2g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/5e2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/5e2g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39660.250 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 31-388 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia (bacteria) Strain: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 Gene: ampC, BCAS0156 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B4EPS2, beta-lactamase #2: Chemical | ChemComp-SCN / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 0.5 M potassium thioccyanate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97927 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 20, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97927 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 87979 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 20.97 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / % possible all: 80.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.651→34.42 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 19.33 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.651→34.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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