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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o16 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Bacillus subtilis Thiamin Phosphate Synthase K159A | ||||||
要素 | Thiamine-phosphate pyrophosphorylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / thiamin biosynthesis / TIM barrel (TIMバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thiamine phosphate synthase / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | McCulloch, K.M. / Hanes, J.W. / Abdelwahed, S. / Mahanta, N. / Hazra, A. / Ishida, K. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal Structure and Kinetic Characterization of Bacillus subtilis Thiamin Phosphate Synthase with a Carboxylated Thiazole Phosphate 著者: McCulloch, K.M. / Hanes, J.W. / Abdelwahed, S. / Mahanta, N. / Hazra, A. / Ishida, K. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o16.cif.gz | 54.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o16.ent.gz | 38.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o16.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o16 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25239.650 Da / 分子数: 1 / 変異: K159A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU38290, ipa-26d, thiC, thiE, ywbK / プラスミド: p28nTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P39594, thiamine phosphate synthase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.98 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 22-28% PEG4000, 75 mM MgCl2, 1 mM DTT, 100 mM Tris, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 14986 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.151 / Net I/σ(I): 13.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→34.63 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 45.6699 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.91 Å2 / Biso mean: 34.5178 Å2 / Biso min: 16.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.63 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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