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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o11 | |||||||||
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タイトル | Anti-beta-amyloid antibody c706 fab in space group c2 | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin fold | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / 補体依存性細胞傷害 / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / 補体依存性細胞傷害 / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / immunoglobulin complex, circulating / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / complement activation, classical pathway / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / antigen binding / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / 免疫応答 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Gilliland, G.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2011 タイトル: His-tag binding by antibody C706 mimics beta-amyloid recognition. 著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Canziani, G. / Zhao, Y. / Gutshall, L. / Jung, S.S. / Gilliland, G.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o11.cif.gz | 176.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o11.ent.gz | 140.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o11.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/3o11 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23057.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: IGKC / Cell (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY (HEK) CELLS / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01834 #2: 抗体 | 分子量: 24200.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: IGHG1 / Cell (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY (HEK) CELLS / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01857 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 3.5 詳細: 0.1 M CITRATE PH 3.5, 18% PEG 8000 CRYO CONDITIONS, 0.1 M CITRATE PH 3.5, 25% PEG 8000, 20% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月26日 / 詳細: VARIMAX HF |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→53 Å / Num. obs: 20634 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 82.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3MCL 解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 22.849 / SU ML: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.543 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
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