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- PDB-3ntn: Crystal Structure of UspA1 head and neck domain from Moraxella ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ntn
タイトルCrystal Structure of UspA1 head and neck domain from Moraxella catarrhalis
要素UspA1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Beta roll / Trimeric autotransporter proteins / Outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / protein transport / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ubiquitous surface protein / Repeat of unknown function DUF1079 / Ubiquitous surface protein adhesin repeat / Repeat of unknown function (DUF1079) / Ubiquitous surface protein adhesin repeat / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 ...Ubiquitous surface protein / Repeat of unknown function DUF1079 / Ubiquitous surface protein adhesin repeat / Repeat of unknown function (DUF1079) / Ubiquitous surface protein adhesin repeat / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / UspA1
類似検索 - 構成要素
生物種Moraxella catarrhalis (モラクセラ・カタラーリス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Conners, R. / Zaccai, N. / Agnew, C. / Burton, N. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Correlation of in situ mechanosensitive responses of the Moraxella catarrhalis adhesin UspA1 with fibronectin and receptor CEACAM1 binding.
著者: Agnew, C. / Borodina, E. / Zaccai, N.R. / Conners, R. / Burton, N.M. / Vicary, J.A. / Cole, D.K. / Antognozzi, M. / Virji, M. / Brady, R.L.
履歴
登録2010年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月7日Group: Database references
改定 1.32011年9月14日Group: Database references
改定 1.42011年9月28日Group: Database references
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UspA1
B: UspA1
C: UspA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9918
ポリマ－66,6093
非ポリマー3825
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19350 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area22190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.295, 142.847, 50.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNASNASNAA169 - 21617 - 64
21ASNASNASNASNBB169 - 21617 - 64
31ASNASNASNASNCC169 - 21617 - 64
12ASPASPILEILEAA218 - 22966 - 77
22ASPASPILEILEBB218 - 22966 - 77
32ASPASPILEILECC218 - 22966 - 77
13PHEPHETHRTHRAA251 - 26099 - 108
23PHEPHETHRTHRBB251 - 26099 - 108
33PHEPHETHRTHRCC251 - 26099 - 108
14VALVALALAALAAA267 - 284115 - 132
24VALVALALAALABB267 - 284115 - 132
34VALVALALAALACC267 - 284115 - 132
15GLUGLUGLYGLYAA313 - 322161 - 170
25GLUGLUGLYGLYBB313 - 322161 - 170
35GLUGLUGLYGLYCC313 - 322161 - 170
16ASNASNLEULEUAA333 - 361181 - 209
26ASNASNLEULEUBB333 - 361181 - 209
36ASNASNLEULEUCC333 - 361181 - 209

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要素

#1: タンパク質 UspA1


分子量: 22202.984 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moraxella catarrhalis (モラクセラ・カタラーリス)
株: ATCC25238 / 遺伝子: uspA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XD56
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG, Tris, Ammonium Sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月27日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 31185 / Num. obs: 30697 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.282.60.55229030.809193.9
2.28-2.373.10.4630350.785198.1
2.37-2.483.40.3830890.835199.6
2.48-2.613.50.33630950.744199.3
2.61-2.773.40.24130810.785198.8
2.77-2.993.50.15530520.804198.5
2.99-3.293.50.10130590.949198.7
3.29-3.763.50.06830991.223199.3
3.76-4.743.40.04131231.455199.7
4.74-1003.70.03131611.472199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 55.68 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.68 Å
Translation2.5 Å41.68 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3LAA, 3EMO, 1P9H

3laa

3emo

1p9h


解像度: 2.2→71.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2437 / WRfactor Rwork: 0.1851 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.8136 / SU B: 15.026 / SU ML: 0.17 / SU R Cruickshank DPI: 0.2817 / SU Rfree: 0.2218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2437 1543 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.1852 30625 98.23 %-
all-31185 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 168.24 Å2 / Biso mean: 52.5494 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8 Å20 Å21.07 Å2
2---2.71 Å20 Å2
3---1.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→71.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4519 0 17 170 4706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0214632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.681.9146262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6175651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.40727.15214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.0815736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.794159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.751.53117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30224914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63331515
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7724.51339
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A509TIGHT POSITIONAL0.030.05
2B509TIGHT POSITIONAL0.040.05
3C509TIGHT POSITIONAL0.040.05
1A398LOOSE POSITIONAL0.045
2B398LOOSE POSITIONAL0.045
3C398LOOSE POSITIONAL0.055
1A509TIGHT THERMAL0.150.5
2B509TIGHT THERMAL0.170.5
3C509TIGHT THERMAL0.160.5
1A398LOOSE THERMAL0.1610
2B398LOOSE THERMAL0.1610
3C398LOOSE THERMAL0.1610
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.255 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 109 -
Rwork0.281 1921 -
all-2030 -
obs--89.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.898-0.35581.61226.989-2.21717.3123-0.37920.1461.0077-0.7527-0.08930.0154-0.0838-0.30570.46850.394-0.00780.00660.25780.03980.339214.461217.4232-2.4138
22.19911.91850.52143.44790.10140.9746-0.08710.29620.2963-0.59010.0102-0.0781-0.16580.03110.0770.32980.01870.03030.26830.04140.246214.802210.3298-3.1447
33.2744-0.11040.15333.6765-0.64291.8148-0.04170.22480.2842-0.58-0.07260.017-0.0483-0.10580.11440.27570.00330.01620.21390.01590.180113.42751.8974-3.7049
43.6351-0.1602-1.45456.4293-0.84843.52620.10230.05520.2082-0.6829-0.066-0.3265-0.15440.0344-0.03640.2752-0.00660.05260.21060.02050.150917.0083-4.4232-2.3972
52.1609-0.5468-0.26565.3240.63242.82540.01420.3231-0.2077-0.97060.04370.11340.1347-0.1065-0.05790.3233-0.02190.02090.25510.02290.170115.9724-11.96-6.0395
60.99021.76690.1685.67530.21450.7226-0.05470.2122-0.104-0.61620.1664-0.09510.1283-0.0269-0.11170.29550.0053-0.03290.2603-0.01120.158813.0239-29.4146-3.3588
71.441-0.0297-0.72894.4505-0.57891.9360.04490.22170.0684-0.2665-0.0272-0.1461-0.0022-0.1283-0.01760.18820.0094-0.01180.245-0.00630.211515.9435-24.96954.6646
80.1881-0.2085-0.24083.8767-0.58890.89770.04060.0192-0.10020.0914-0.1217-0.03230.10650.03870.08120.2212-0.0049-0.00190.2407-0.01260.213811.259-44.444511.0939
91.7554-5.5596-2.415352.906110.63717.5049-0.0862-0.2173-0.27470.69920.1867-0.14920.3391-0.1699-0.10050.23070.0039-0.04830.36290.03260.244217.9468-72.151210.5152
105.6765.11681.20064.6151.08080.26860.00150.2707-0.78750.02020.2219-0.6749-0.02240.1559-0.22340.39510.01740.10090.8684-0.05550.692219.6054-86.80737.3358
114.2082-2.2889-0.86891.26370.47440.17970.45280.48330.3243-0.2568-0.3626-0.0638-0.1022-0.1149-0.09020.90970.1087-0.20240.7649-0.14490.9458-0.278420.527911.6131
126.7066-0.9325-2.60835.80640.99413.5051-0.3233-0.43710.07630.21990.00110.4161-0.7590.08410.32220.38770.07110.01420.1856-0.01560.41123.429917.314810.616
131.0348-1.47990.4583.4639-1.92411.8721-0.0071-0.0420.07250.2090.05450.34-0.1824-0.2397-0.04740.2449-0.00610.03170.2915-0.10450.4172.452210.339210.5202
142.9566-0.9307-0.11213.50060.00274.261-0.0170.00550.03220.2154-0.02090.5347-0.0678-0.18910.03780.196-0.00250.00950.1860.00680.24312.39910.88049.877
154.37260.5571-0.62086.31521.63022.8789-0.0229-0.21450.15540.4808-0.03440.79450.1257-0.17770.05730.16620.02940.02250.23930.01150.27840.2909-9.763310.9161
160.8553-0.25040.18345.5728-1.42991.123-0.1033-0.1362-0.14750.21830.12840.48110.136-0.2352-0.02510.2086-0.00620.06270.2304-0.00660.22123.1519-29.394812.213
173.4452-1.16460.37725.0559-0.24220.96480.0378-0.13890.10740.0342-0.04980.23760.034-0.16210.0120.1963-0.0197-0.01070.2312-0.01590.1788.5174-25.04615.9384
180.8082-0.1875-0.0824.29740.0420.00850.04340.026-0.1015-0.1302-0.0562-0.0735-0.0036-0.00080.01270.2183-0.0027-0.01330.24440.01520.217216.5761-44.71826.2864
195.66426.71431.043449.1299-5.78162.80090.19-0.3348-0.2714-1.02590.0303-0.29150.45570.1589-0.22040.33520.0107-0.03350.37670.0190.165211.6294-74.78570.936
2031.1181-6.837834.628930.3604-35.990366.55510.48540.5318-1.0625-1.40490.5213-0.16621.7585-0.2404-1.00670.6292-0.0309-0.03210.63170.07960.60099.509-88.8372.0277
218.454.295-0.31258.69563.81444.22280.30860.04920.1150.41520.0284-0.5203-0.68680.2407-0.3370.4279-0.0455-0.04890.258-0.00540.411320.120617.45813.8521
227.195-3.3548-4.01562.53482.36644.51550.1303-0.33050.35330.24280.0246-0.5021-0.36830.4429-0.15490.2874-0.0792-0.04980.2474-0.0080.350721.97712.254213.7056
231.2262-0.09390.20665.36150.50371.62890.0544-0.09010.09930.2961-0.043-0.3605-0.20810.1178-0.01140.2213-0.0123-0.0550.2331-0.00780.21119.60373.495714.4504
242.9870.8750.25446.2216-0.80632.5293-0.0773-0.0653-0.0380.49260.0569-0.75920.00710.2320.02050.2064-0.007-0.06360.25-0.01720.217321.7-9.719115.9885
250.8476-1.8499-0.23587.84071.61191.398-0.0256-0.0945-0.17940.40880.1125-0.44160.15840.2376-0.08690.16890.0063-0.04240.23740.01410.272821.2598-31.112713.201
2610.551711.472418.084712.743919.833431.1404-1.04331.4347-0.4273-0.52491.8253-0.6859-1.27462.7985-0.7821.37420.56130.06351.11310.07591.236425.2432-23.9688.7625
270.5886-0.0171-0.11643.56610.04510.91310.02890.0055-0.0105-0.0119-0.05290.08540.0397-0.00320.02410.1820.0068-0.00230.2357-0.00210.195810.1315-34.87527.1893
281.7105-4.06220.176837.2968-11.95934.8367-0.00210.0587-0.2169-0.1282-0.03990.33750.0387-0.05510.0420.2207-0.03320.00830.3455-0.02960.21566.6182-65.83739.4514
290.84572.2834-4.175443.0303-2.949622.5054-0.1384-0.1070.0678-0.22240.26261.31580.69680.597-0.12420.27190.06450.05360.48480.05150.3287.9269-79.690911.8101
3016.0459-6.9034-23.258330.796942.154970.8695-0.9529-0.53670.36490.24560.2290.90021.21780.59660.72390.55050.22390.06370.92030.17340.36149.699-88.741512.5991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A159 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2A171 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3A202 - 221
4X-RAY DIFFRACTION4A222 - 241
5X-RAY DIFFRACTION5A242 - 263
6X-RAY DIFFRACTION6A264 - 295
7X-RAY DIFFRACTION7A296 - 323
8X-RAY DIFFRACTION8A324 - 353
9X-RAY DIFFRACTION9A354 - 364
10X-RAY DIFFRACTION10A365 - 372
11X-RAY DIFFRACTION11B153 - 158
12X-RAY DIFFRACTION12B159 - 170
13X-RAY DIFFRACTION13B171 - 201
14X-RAY DIFFRACTION14B202 - 228
15X-RAY DIFFRACTION15B229 - 263
16X-RAY DIFFRACTION16B264 - 295
17X-RAY DIFFRACTION17B296 - 323
18X-RAY DIFFRACTION18B324 - 353
19X-RAY DIFFRACTION19B354 - 367
20X-RAY DIFFRACTION20B368 - 372
21X-RAY DIFFRACTION21C159 - 170
22X-RAY DIFFRACTION22C171 - 189
23X-RAY DIFFRACTION23C190 - 225
24X-RAY DIFFRACTION24C226 - 267
25X-RAY DIFFRACTION25C268 - 295
26X-RAY DIFFRACTION26C296 - 305
27X-RAY DIFFRACTION27C306 - 349
28X-RAY DIFFRACTION28C350 - 360
29X-RAY DIFFRACTION29C361 - 367
30X-RAY DIFFRACTION30C368 - 372

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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