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- PDB-1p9h: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLLAGEN-BINDING DOMAIN OF YERSINIA ADHE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p9h
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COLLAGEN-BINDING DOMAIN OF YERSINIA ADHESIN YadA
要素Invasin
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / collagen-binding / left-handed beta-roll
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type V secretion system / collagen binding / cell outer membrane / 細胞接着 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Outer membrane adhesion, Yersinia / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain ...Outer membrane adhesion, Yersinia / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Nummelin, H. / Merckel, M.C. / Skurnik, M. / Goldman, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: The Yersinia adhesin YadA collagen-binding domain structure is a novel left-handed parallel beta-roll.
著者: Nummelin, H. / Merckel, M.C. / Leo, J.C. / Lankinen, H. / Skurnik, M. / Goldman, A.
履歴
登録2003年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Invasin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8061
ポリマ－22,8061
非ポリマー00
水1,892105
1
A: Invasin

A: Invasin

A: Invasin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4183
ポリマ－68,4183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area15080 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area16840 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.050, 67.050, 221.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Invasin / / Outer membrane adhesin


分子量: 22806.059 Da / 分子数: 1 / 断片: COLLAGEN-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: YADA OR YOPA OR INVA OR YOP1 / プラスミド: pHN-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(pREP4) / 参照: UniProt: P31489
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, sodium acetate, sodium-cacotylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111 %PEG80001reservoir
20.2 Msodium acetate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9102 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月19日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9102 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→20 Å / Num. all: 28431 / Num. obs: 28240 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2763 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
Num. obs: 32335 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 355936 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 % / Num. unique obs: 2683

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→19.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 263358.66 / Data cutoff high rms absF: 263358.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2038 2694 9.9 %RANDOM
Rwork0.1956 ---
all-28429 --
obs-27177 95.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 124.626 Å2 / ksol: 0.704203 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.62 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1228 0 0 105 1333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 417 10.2 %
Rwork0.233 3665 -
obs--87.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 23731 / Num. reflection Rfree: 2569 / Rfactor Rfree: 0.204 / Rfactor Rwork: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.384
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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