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- PDB-3nok: Crystal structure of Myxococcus xanthus Glutaminyl Cyclase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nok
タイトルCrystal structure of Myxococcus xanthus Glutaminyl Cyclase
要素Glutaminyl CyclaseGlutaminyl-peptide cyclotransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / beta-propeller (Βプロペラドメイン) / glutaminyl cyclase / CYCLOTRANSFERASE / pyroglutamate (ピログルタミン酸)
機能・相同性Glutaminyl-peptide cyclotransferase / Glutamine cyclotransferase / peptidyl-pyroglutamic acid biosynthetic process, using glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / metal ion binding / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / Glutaminyl Cyclase
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Parthier, C. / Carrillo, D.R. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Kinetic and structural characterization of bacterial glutaminyl cyclases from Zymomonas mobilis and Myxococcus xanthus
著者: Carrillo, D.R. / Parthier, C. / Janckel, N. / Grandke, J. / Stelter, M. / Schilling, S. / Boehme, M. / Neumann, P. / Wolf, R. / Demuth, H.U. / Stubbs, M.T. / Rahfeld, J.U.
履歴
登録2010年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaminyl Cyclase
B: Glutaminyl Cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7869
ポリマ－58,8202
非ポリマー9657
水5,134285
1
A: Glutaminyl Cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8474
ポリマ－29,4101
非ポリマー4373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glutaminyl Cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9395
ポリマ－29,4101
非ポリマー5294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.790, 46.060, 81.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutaminyl Cyclase / Glutaminyl-peptide cyclotransferase


分子量: 29410.039 Da / 分子数: 2 / 変異: L55F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DSM 16526 / プラスミド: pet28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: E7FH78*PLUS, glutaminyl-peptide cyclotransferase

-
非ポリマー , 5種, 292分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DDQ / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド


分子量: 201.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27NO
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細1. THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS THE SAME AS RESIDUES 20-266 OF UNIPROTKB/TREMBL Q1DDS6 (Q1DDS6_ ...1. THE SEQUENCE OF THE PROTEIN IS THE SAME AS RESIDUES 20-266 OF UNIPROTKB/TREMBL Q1DDS6 (Q1DDS6_MYXXD). 2. THE N-TERMINAL RESIDUES MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHM ARE THE EXPRESSION TAG. 3. RESIDUE 55 PHE REPRESENT A MUTATION, LEU55PHE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.97 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 52886 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.626 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 15.56
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.65-1.750.7520.5462.325680866381650.65294.3
1.75-1.870.4510.328426567826779740.3996.5
1.87-1.970.2640.1976.718018530451890.23397.8
1.97-2.470.1130.10512.96071215515153970.12199.2
2.47-2.970.0530.05923.533942683268090.06699.7
2.97-3.470.0290.03834.417162347034590.04399.7
3.47-3.970.0210.03340.29356193419230.03799.4
3.97-4.470.0180.02744.85746118411800.0399.7
4.47-100.0180.02745.812372257225600.0399.5
10-200.0140.02449.910002392300.02796.2
20-3025
3013

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å42.81 Å
Translation2.5 Å42.81 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NOM

3nom


解像度: 1.65→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.2188 / WRfactor Rwork: 0.1803 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8453 / SU B: 2.152 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.1128 / SU Rfree: 0.1128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 2646 5 %RANDOM
Rwork0.1948 ---
obs0.1969 52874 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.67 Å2 / Biso mean: 19.2743 Å2 / Biso min: 3.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.54 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3636 0 60 285 3981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0213818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0721.955200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0475472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.62923.371178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.70815581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2951530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2270.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2561.52324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00723742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.06531494
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6734.51458
LS精密化 シェル解像度: 1.651→1.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 183 -
Rwork0.318 3460 -
all-3643 -
obs--92.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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