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- PDB-3ngk: PduA from Salmonella enterica Typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ngk
タイトルPduA from Salmonella enterica Typhimurium
要素Propanediol utilization protein pduA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / BMC shell protein / Pdu / Carboxysome (カルボキシソーム) / propanediol (プロパンジオール)
機能・相同性
機能・相同性情報


propanediol degradation polyhedral organelle / propanediol catabolic process
類似検索 - 分子機能
BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits ...BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment shell protein PduA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2608 Å
データ登録者Crowley, C.S. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Insight into the Mechanisms of Transport across the Salmonella enterica Pdu Microcompartment Shell.
著者: Crowley, C.S. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Kopstein, J.S. / Bobik, T.A. / Yeates, T.O.
履歴
登録2010年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propanediol utilization protein pduA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5911
ポリマ－10,5911
非ポリマー00
水28816
1
A: Propanediol utilization protein pduA
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5476
ポリマ－63,5476
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area9660 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.152, 67.152, 69.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 Propanediol utilization protein pduA


分子量: 10591.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: pduA, STM2038 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C7
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 500 mM LiSO4, 20% 1,2 propanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.9794
シンクロトロンAPS 24-ID-C20.9794
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2010年2月20日
ADSC QUANTUM 3152CCD2010年4月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→90 Å / Num. all: 3039 / Num. obs: 3039 / % possible obs: 66.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Χ2: 1.577 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.25-2.339.90.476811.11718.3
2.33-2.429.50.5631291.03829.5
2.42-2.539.80.3891791.32940.2
2.53-2.679.80.4082201.27450.3
2.67-2.839.80.5262641.17258.9
2.83-3.059.70.4553361.20171.2
3.05-3.3619.90.4253841.35886.7
3.36-3.8518.10.3064571.79799.8
3.85-4.8517.40.2424722.0499.4
4.85-9016.10.1815171.60497.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.15 Å19.77 Å
Translation3.15 Å19.77 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIXdev_403精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3I6P

3i6p


解像度: 2.2608→33.576 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.8037 / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2846 320 10.55 %random
Rwork0.2537 ---
obs0.257 3034 64.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 9.433 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 72.64 Å2 / Biso mean: 17.2944 Å2 / Biso min: 6.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.5769 Å20 Å20 Å2
2---11.5769 Å20 Å2
3---23.1539 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2608→33.576 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数628 0 0 16 644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002642
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.592870
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.637236
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2608-2.84810.2863920.257577486638
2.8481-33.57970.28412280.25251940216890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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