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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n7c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the RAN binding domain from the nuclear pore complex component NUP2 from Ashbya gossypii | ||||||
要素 | ABR034Wp | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Nuclear pore complex (核膜孔) / NUP2 / Ran-binding domain / Nucleoporin (ヌクレオポリン) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA export from nucleus in response to heat stress / protein localization to nuclear inner membrane / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / nuclear pore nuclear basket / importin-alpha family protein binding / NLS-dependent protein nuclear import complex / structural constituent of nuclear pore / silent mating-type cassette heterochromatin formation / poly(A)+ mRNA export from nucleus ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / protein localization to nuclear inner membrane / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / nuclear pore nuclear basket / importin-alpha family protein binding / NLS-dependent protein nuclear import complex / structural constituent of nuclear pore / silent mating-type cassette heterochromatin formation / poly(A)+ mRNA export from nucleus / NLS-bearing protein import into nucleus / subtelomeric heterochromatin formation / 核膜孔 / protein export from nucleus / small GTPase binding / chromosome, telomeric region / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ashbya gossypii (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å | ||||||
データ登録者 | Sampathkumar, P. / Manglicmot, D. / Gilmore, J. / Bain, K. / Gheyi, T. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. ...Sampathkumar, P. / Manglicmot, D. / Gilmore, J. / Bain, K. / Gheyi, T. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the RAN binding domain from the nuclear pore complex component NUP2 from Ashbya gossypii 著者: Sampathkumar, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3n7c.cif.gz | 50.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3n7c.ent.gz | 38.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3n7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n7c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14820.566 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 497-615 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ashbya gossypii (菌類) / 株: ATCC 10895 / 遺伝子: ABR034W, AGOS_ABR034W, NUP2 / プラスミド: BC-pSGX3(BC); modified pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL / 参照: UniProt: Q75DJ0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100mM Bis-Tris pH 5.5 + 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→38.12 Å / Num. obs: 13396 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 42.54 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.38 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 1925 / Rsym value: 0.58 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.26→21.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.248 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.241 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.73 Å2 / Biso mean: 43.78 Å2 / Biso min: 23.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→21.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.26→2.318 Å / Total num. of bins used: 20
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