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- PDB-3n6j: Crystal structure of Mandelate racemase/muconate lactonizing prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n6j
タイトルCrystal structure of Mandelate racemase/muconate lactonizing protein from Actinobacillus succinogenes 130Z
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / enolase (ホスホピルビン酸ヒドラターゼ) / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...D-Glucarate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacillus succinogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York Structural GenomiX Research Consortium (NYSGXRC) / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Mandelate racemase/muconate lactonizing protein from Actinobacillus succinogenes 130Z
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,2604
ポリマ－205,2604
非ポリマー00
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10700 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area58850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.781, 84.347, 113.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Mandelate racemase/muconate lactonizing protein


分子量: 51314.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus succinogenes (バクテリア)
株: 130Z / 遺伝子: 152979509, Asuc_1852 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A6VQF6
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
解説: SUBUNITS A AND B ARE WELL ORDERED AND SUBUNITS C AND D ARE HIGHLY DISORDERED.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 1500, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 54729 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.4-2.4440.74153.5
2.44-2.494.10.74557.3
2.49-2.534.10.63860.4
2.53-2.594.20.57864.1
2.59-2.644.30.5466.3
2.64-2.74.30.55969.6
2.7-2.774.30.46674.4
2.77-2.854.20.40280.1
2.85-2.934.10.36186.5
2.93-3.024.10.30690.6
3.02-3.1340.24893.2
3.13-3.2640.19694.9
3.26-3.413.90.14595.9
3.41-3.583.80.12196
3.58-3.813.70.09995.1
3.81-4.13.60.07995.5
4.1-4.523.50.07294
4.52-5.173.50.06393
5.17-6.513.40.06291.5
6.51-503.40.04888.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 43.19 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å39.26 Å
Translation2.5 Å39.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EC7

1ec7


解像度: 2.4→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.81 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 28.294 / SU ML: 0.303 / SU R Cruickshank DPI: 0.344 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.48 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30389 2309 5.1 %RANDOM
Rwork0.21721 ---
obs0.22161 43205 68.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.976 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20.04 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13709 0 0 346 14055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02214081
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.94919130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79951759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.8524.432643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.977152326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9281572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6273.58724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1465014037
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.458505357
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6214.55089
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 40 -
Rwork0.226 743 -
obs--16.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6608-0.1102-0.25331.62750.35041.0111-0.05080.0915-0.1109-0.059-0.02520.3090.0812-0.05340.0760.057-0.0083-0.04120.09710.00380.105425.0427-8.39873.6527
20.98880.0395-0.58491.27860.34351.16850.0030.00590.1530.0999-0.01090.2979-0.1327-0.00520.00790.12480.0256-0.00060.02720.01880.136319.492429.715124.0559
31.42290.20380.85620.46860.16861.44070.0108-0.25030.03860.1131-0.10320.08480.1083-0.10930.09230.2810.04710.140.13470.03040.077321.9731-9.950755.522
40.88560.07070.48271.12220.44121.038-0.0246-0.26180.1253-0.0319-0.20330.25120.0359-0.42470.22790.0512-0.01480.08060.2839-0.10480.2379-15.3245-8.126332.554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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