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Yorodumi- PDB-4g8t: Crystal structure of a glucarate dehydratase related protein, fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g8t | ||||||
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Title | Crystal structure of a glucarate dehydratase related protein, from actinobacillus succinogenes, target EFI-502312, with sodium and sulfate bound, ordered loop | ||||||
Components | Glucarate dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / ENOLASE / putative glucarate dehydratase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information glucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / glucarate dehydratase / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Actinobacillus succinogenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of a glucarate dehydratase related protein, from actinobacillus succinogenes, target efi-502312, with sodium and sulfate bound, ordered loop Authors: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / ...Authors: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4g8t.cif.gz | 724.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4g8t.ent.gz | 597.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4g8t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g8t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1ec7S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 51460.277 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Actinobacillus succinogenes (bacteria) / Strain: 130Z / Gene: Asuc_1847 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A6VQF1, glucarate dehydratase |
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-Non-polymers , 6 types, 1992 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-DTU / ( | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: sitting drop vapor diffuction / pH: 7.5 Details: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM MgCl); Reservoir (0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, 0.1 M HEPES, 25% PEG4000); Cryoprotection (Reservoir, + ...Details: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM MgCl); Reservoir (0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, 0.1 M HEPES, 25% PEG4000); Cryoprotection (Reservoir, + 20% glycerol and 50 mM MgCl), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2012 / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→139.093 Å / Num. all: 210738 / Num. obs: 210738 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 9.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1EC7 Resolution: 1.7→28.477 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / FOM work R set: 0.8816 / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 18.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.11 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.942 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124.53 Å2 / Biso mean: 22.9951 Å2 / Biso min: 8.2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→28.477 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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