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- PDB-3mtv: The Crystal Structure of the PRRSV Nonstructural Protein Nsp1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mtv
タイトルThe Crystal Structure of the PRRSV Nonstructural Protein Nsp1
要素Papain-like cysteine protease
キーワードHYDROLASE / PRRSV / nsp1 / nuclease / papain-like cysteine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / helicase activity / membrane => GO:0016020 / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arterivirus nps1beta, nuclease domain / Arterivirus papain-like cysteine protease beta domain / Replicase polyprotein 1ab, peptidase C33-associated domain / Peptidase_C33-associated domain / Arterivirus polyprotein, nsp2, immunogenic region / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain superfamily / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain superfamily / Porcine arterivirus-type cysteine proteinase alpha / Equine arteritis virus putative proteinase / Immunogenic region of nsp2 protein of arterivirus polyprotein ...Arterivirus nps1beta, nuclease domain / Arterivirus papain-like cysteine protease beta domain / Replicase polyprotein 1ab, peptidase C33-associated domain / Peptidase_C33-associated domain / Arterivirus polyprotein, nsp2, immunogenic region / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain superfamily / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain superfamily / Porcine arterivirus-type cysteine proteinase alpha / Equine arteritis virus putative proteinase / Immunogenic region of nsp2 protein of arterivirus polyprotein / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain / Arterivirus Nsp2, peptidase C33 / Equine arteritis virus peptidase S32 / Serine protease, chymotrypsin-like serine protease, C-terminal / Arterivirus NSP4 peptidase domain / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp7 alpha superfamily / Equine arterivirus Nsp2-type cysteine proteinase / Equine arteritis virus serine endopeptidase S32 / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp4 proteinase domain profile. / Arterivirus nsp2 cysteine protease (AV CP) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain profile. / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Cathepsin B; Chain A / Roll / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Xue, F. / Sun, Y.N. / Yan, L.M. / Zhao, C. / Lou, Z.Y. / Rao, Z.H.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: The crystal structure of porcine reproductive and respiratory syndrome virus nonstructural protein Nsp1beta reveals a novel metal-dependent nuclease
著者: Xue, F. / Sun, Y.N. / Yan, L.M. / Zhao, C. / Chen, J. / Bartlam, M. / Li, X.M. / Lou, Z.Y. / Rao, Z.H.
履歴
登録2010年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Papain-like cysteine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0931
ポリマ－23,0931
非ポリマー00
水36020
1
A: Papain-like cysteine protease

A: Papain-like cysteine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1872
ポリマ－46,1872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area2470 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.895, 100.895, 81.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Papain-like cysteine protease / nsp1b


分子量: 23093.434 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 181-383 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: B2ZAB4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM HEPES (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A20.9798, 0.9795, 0.960
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2009年3月15日
ADSC QUANTUM 2702CCD2009年3月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97981
30.97951
40.961
反射解像度: 2.8→31.91 Å / Num. all: 12120 / Num. obs: 12021 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 74.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル解像度: 2.8→2.8 Å / 冗長度: 11.2 % / Num. unique all: 1189 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→31.906 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.78 / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.22 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2607 506 4.77 %random
Rwork0.2005 10098 --
obs0.2035 10604 97.72 %-
all-12120 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.127 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 161.46 Å2 / Biso mean: 68.325 Å2 / Biso min: 21.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.473 Å20 Å2-0 Å2
2--3.473 Å20 Å2
3----6.9461 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→31.906 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1632 0 0 20 1652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0381683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d3.4262285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.951625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.188236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.018296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.08160.35721110.26682362X-RAY DIFFRACTION93
3.0816-3.5270.30361220.2282492X-RAY DIFFRACTION98
3.527-4.44180.26121350.18042549X-RAY DIFFRACTION100
4.4418-31.90790.21791380.18142695X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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