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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mfs | ||||||
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タイトル | CASK-4M CaM Kinase Domain, AMPPNP | ||||||
要素 | Peripheral plasma membrane protein CASK | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Catalytic mechanism (酵素反応) / kinase catalysis / Mg2+-mediated phosphate transfer / protein kinase (プロテインキナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / guanylate kinase activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / neurexin family protein binding / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of wound healing / 核ラミナ / calcium ion import / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins ...negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / guanylate kinase activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / neurexin family protein binding / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of wound healing / 核ラミナ / calcium ion import / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Neurexins and neuroligins / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / Nephrin family interactions / ciliary membrane / regulation of synaptic vesicle exocytosis / Syndecan interactions / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of calcium ion import / 基底膜 / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of localization in cell / Schaffer collateral - CA1 synapse / nuclear matrix / cell-cell junction / マイクロフィラメント / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / vesicle / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞接着 / リン酸化 / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / 核小体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wahl, M.C. / Mukherjee, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2010 タイトル: Evolution of CASK into a Mg2+-sensitive kinase. 著者: Mukherjee, K. / Sharma, M. / Jahn, R. / Wahl, M.C. / Sudhof, T.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mfs.cif.gz | 82.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mfs.ent.gz | 58.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mfs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/3mfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/3mfs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39291.047 Da / 分子数: 1 / 断片: CASK-4M CaM kinase domain, rersidues 1-337 / 変異: Pro22Ala, His145Glu, Gly162Asp, Cys146Asn / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASK, LIN2 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O14936, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ANP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 12.5 % (v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→38.46 Å / Num. all: 23107 / Num. obs: 22576 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1094 / Rsym value: 0.664 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3C0I 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 14.168 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.325 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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