PDB-3mbf: Crystal structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mbf

タイトル

Crystal structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephalitozoon cuniculi, bound to fructose 1,6-bisphosphate

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / (SSGCID) /

ALDOLASE /

Glycolysis (解糖系) /

Schiff base (シッフ塩基)

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase /

fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephalitozoon cuniculi.
著者: Gardberg, A. / Sankaran, B. / Davies, D. / Bhandari, J. / Staker, B. / Stewart, L.

履歴

登録	2010年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mbf.cif.gz	147.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mbf.ent.gz	116.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mbdC 3mdbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qrh-1 3bv4-1 3mbd-1 4ccz-d 2f03-d 4owr-d 6n2w-2 5k0s-3 6n2w-1 4ill-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EncuA.00440.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.460, 135.820, 61.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-407- HOH
2	1	A-411- HOH

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase / 分子量: 38263.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン) 遺伝子: ECU01_0240 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8SSM8, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 糖	ChemComp-2FP / 1,6-FRUCTOSE DIPHOSPHATE (LINEAR FORM) タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.91 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: BASED ON PACT SCREEN CONDITION F10 WITHOUT NAKHPO4: 100MM BIS-TRIS PROPANE PH 6.5, 20% PEG 3350, 20 MM FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE, PROTEIN AT 24.7 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→28.03 Å / Num. all: 21111 / Num. obs: 21046 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 37.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15.35
反射シェル	解像度: 2.37→2.43 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1557 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
Blu-Ice	データ収集
REFMAC	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
REFMAC	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3MDB

3mdb

解像度: 2.37→28.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 9.8 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	1022	4.9 %	To match 3MBD (random)
R_work	0.165	-	-	-
obs	0.167	20970	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→28.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2617	0	19	95	2731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.987	3659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.9	3	4589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.078	5	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.606	23.947	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.33	15	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.307	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.711	1.5	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.169	1.5	698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.36	2	2689
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.35	3	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.871	4.5	966
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.37→2.43 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	92	-
R_work	0.215	1442	-
obs	-	-	99.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.337	1.9528	4.724	5.621	5.4101	5.8277	0.3961	-0.633	-0.9036	0.8615	0.1291	-0.4782	0.9129	0.1291	-0.5253	0.203	0.075	-0.0779	0.1019	0.0699	0.1122	-0.45	-26.876	3.888
2	2.471	-0.0426	-0.453	1.7294	0.2812	1.6343	0.0159	-0.1881	-0.1789	0.1865	0.012	0.3038	0.0926	-0.1255	-0.0279	0.1096	-0.0636	0.0306	0.0771	0.0592	0.1667	-26.029	-24.359	4.48
3	0.6847	-0.0112	-0.2043	1.3798	-0.1532	1.0326	0.0367	-0.028	0.0322	0.1263	0.0022	0.0711	-0.1038	-0.0076	-0.0388	0.0882	-0.0107	0.0026	0.0488	0.0066	0.0828	-12.689	-9.844	-3.556
4	1.3683	0.0781	0.2688	1.1107	-0.1208	1.1328	0.0175	0.1528	-0.0985	-0.0979	0.0477	0.1055	0.0562	-0.0393	-0.0652	0.0896	-0.0198	-0.0229	0.0489	-0.0026	0.0996	-13.066	-20.47	-17.564
5	1.0793	-0.4796	-1.6318	0.9911	0.4066	2.1878	-0.1137	0.0629	-0.2158	0.13	0.1178	0.3633	0.2745	-0.1903	-0.0041	0.1588	-0.0925	-0.0555	0.1172	0.0582	0.3338	-29.764	-31.858	-6.453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	99 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	184 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	291 - 338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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