PDB-3mbd: Crystal structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mbd

タイトル

Crystal structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephalitozoon cuniculi, bound to phosphate

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

ALDOLASE /

Glycolysis (解糖系) /

Schiff base (シッフ塩基) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase /

fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephalitozoon cuniculi.
著者: Gardberg, A. / Sankaran, B. / Davies, D. / Bhandari, J. / Staker, B. / Stewart, L.

履歴

登録	2010年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mbd.cif.gz	150 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mbd.ent.gz	118.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mbd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/3mbd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mbfC 1qo5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mbf-1 3qrh-1 5g0i-2 5k0s-3 1itq-d 3ftq-5 5g0i-1 5eef-d 4mw1-2 2f03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EncuA.00440.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.960, 137.610, 62.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase / 分子量: 38263.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン) 遺伝子: ECU01_0240 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8SSM8, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.95 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 90% PACT SCREEN CONDITION F10, 10% ADDITIVE SCREEN G12: 90MM BIS-TRIS PROPANE PH 6.5, 18% PEG 3350, 18 MM NAKHPO4, 10 MM UREA, PROTEIN AT 24.7 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→36.8 Å / Num. all: 35792 / Num. obs: 35720 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21.83
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QO5

1qo5

解像度: 2→35.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 5.361 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19021	1749	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1624	-	-	-
obs	0.16375	33882	99.58 %	-
all	-	35792	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.54 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2631	0	6	192	2829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.395	1.984	3704
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.913	3	4702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.804	5	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.385	24.052	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.748	15	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.125	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.763	1.5	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.208	1.5	703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.371	2	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.234	3	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.645	4.5	965
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	129	-
R_work	0.214	2444	-
obs	-	-	99.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6286	3.3933	2.5794	6.9103	2.9276	7.2855	0.3083	-0.5179	-0.6935	0.8926	0.0509	-0.6383	0.5516	0.3266	-0.3592	0.2408	0.087	-0.0733	0.1206	0.0559	0.1611	-0.45	-26.876	3.888
2	2.6398	0.2055	-0.8225	1.5641	0.2977	1.9	-0.0207	-0.1292	-0.0402	0.1269	0.0765	0.2853	0.1236	-0.126	-0.0558	0.1392	-0.0865	0.0395	0.1051	0.0487	0.1342	-26.029	-24.359	4.48
3	0.9919	-0.1403	-0.0529	1.9921	-0.2057	1.8852	0.0323	-0.0581	0.0757	0.1116	0.0084	0.1009	-0.042	-0.0972	-0.0407	0.0346	-0.0176	0.0179	0.021	-0.003	0.0506	-12.689	-9.844	-3.556
4	1.4073	0.0798	-0.1363	1.0821	0.0657	1.0293	0.0194	0.175	-0.0092	-0.122	0.0123	0.1345	0.0987	-0.1358	-0.0317	0.0664	-0.0326	-0.0234	0.0536	0.0059	0.0675	-13.066	-20.47	-17.564
5	2.0792	-0.3408	-1.9024	1.423	0.927	3.2971	-0.0327	0.1006	-0.2648	0.1076	0.0233	0.2621	0.2626	-0.2633	0.0094	0.1557	-0.1394	-0.018	0.1562	0.053	0.2196	-29.764	-31.858	-6.453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	99 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	184 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	291 - 338

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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