PDB-3m3w: Crystal structure of mouse PACSIN3 BAR domain mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m3w

タイトル

Crystal structure of mouse PACSIN3 BAR domain mutant

要素

Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3

キーワード

ENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) /

Mouse / PACSIN3 /

BAR domain

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane tubulation /

Clathrin-mediated endocytosis / negative regulation of endocytosis / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / negative regulation of calcium ion transport /

regulation of endocytosis / calcium channel inhibitor activity / cytoskeleton organization /

cytoskeletal protein binding /

phospholipid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Meng, G. / Bai, X.Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Rigidity of wedge loop in PACSIN 3 protein is a key factor in dictating diameters of tubules
著者: Bai, X.Y. / Meng, G. / Luo, M. / Zheng, X.F.

履歴

登録	2010年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年6月6日	Group: Database references
改定 1.3	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.4	2020年9月9日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_ref_seq_dif / Item: _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3m3w.ent.gz	199.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/3m3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/3m3w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3qe6C 3syvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q84-2 3qe6-d 2x3x-2 3q84-1 3i2w-d 3hai-2 2x3w-3 2x3v-1 3hai-1 2x3v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3

B: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3

74.7 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.494, 52.265, 196.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3 / PACSIN3 分子量: 37347.824 Da / 分子数: 2 / 断片: BAR domain, residues 1-320 / 変異: E128A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99JB8
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3 / PACSIN3

分子量: 37347.824 Da / 分子数: 2 / 断片: BAR domain, residues 1-320 / 変異: E128A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99JB8

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.19 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 29998 / Num. obs: 28370 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 3
反射シェル	解像度: 2.6→2.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
CNS		精密化
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.858 / SU B: 19.182 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28058	1492	5 %	RANDOM
R_work	0.23222	-	-	-
obs	0.2346	28282	99.76 %	-
all	-	29998	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.991 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.33 Å²	0 Å²	-0.31 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4550	0	0	10	4560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	4690
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.297	1.923	6311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.387	5	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.497	22.863	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.116	15	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.121	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.248	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	1.5	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	2	4452
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0	3	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0	4.5	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.665 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	97	-
R_work	0.239	2010	-
obs	-	-	99.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5442	-1.0244	-2.9071	0.5627	3.4499	24.246	0.1547	-0.6636	0.6393	0.7984	0.048	0.3538	-1.2417	0.055	-0.2026	0.4203	-0.0584	0.0401	0.2777	-0.0471	0.1555	-18.6545	1.3657	128.2509
2	8.7934	-0.3563	-6.0259	2.0105	-3.0885	26.3101	0.1324	-0.2487	0.6413	0.3966	-0.1102	0.2705	-1.1472	0.1566	-0.0223	0.3265	-0.0016	-0.0006	0.0778	-0.0526	0.2001	-16.7425	2.5057	115.4173
3	6.2838	1.9175	-6.0923	4.3765	-2.9241	8.6142	0.1474	0.0956	0.1955	0.312	0.035	0.0199	-0.5306	-0.2456	-0.1823	0.1141	0.0276	-0.1145	0.0491	-0.0255	0.0602	-5.4004	4.7523	96.5389
4	10.8324	5.6274	-13.517	3.3435	-5.7516	20.7094	0.1208	0.7242	0.6031	0.0646	-0.02	-0.0118	-0.5365	-0.6733	-0.1008	0.126	0.0285	-0.0412	0.0908	0.0183	0.1108	10.3956	6.3049	77.1955
5	6.5611	-0.1824	-6.808	6.5221	-0.1957	7.087	-0.0872	0.6681	-0.1429	-1.2954	-0.2944	0.0013	0.0722	0.0747	0.3816	0.351	-0.0383	0.0274	0.3266	-0.066	0.2612	20.4829	0.5677	65.531
6	10.5967	-1.2034	-6.8365	0.8573	1.3397	4.851	0.0842	0.6785	-0.0793	-0.3896	-0.1067	-0.0118	0.087	-0.4434	0.0226	0.168	0.0047	0.0003	0.1695	0.0173	0.1412	8.6709	-2.0327	76.521
7	29.8988	-2.3246	-16.0237	1.5927	5.8414	23.5452	-0.1216	0.8789	-0.4838	-0.3924	-0.1812	0.2074	-0.4096	-0.4161	0.3028	0.108	-0.0206	-0.0394	0.0998	0.0031	0.1404	-6.3572	-0.6028	87.4586
8	10.2019	-2.4827	1.3449	9.7548	-3.0566	3.549	0.2079	0.0334	0.0298	-0.5081	0.0912	0.2887	-0.8565	-0.509	-0.2991	0.1501	0.0138	-0.0471	0.1346	-0.0214	0.0598	-17.0622	-0.6313	96.6875
9	7.7826	0.2259	-5.1885	0.0066	-0.1506	3.4591	0.4295	3.2937	0.7449	1.9528	-0.3268	1.7672	-3.3332	-0.5766	-0.1026	0.9085	0.6985	-0.2182	1.0812	-0.0817	0.8114	-25.7936	2.8799	107.6709
10	2.9301	-1.2486	-3.008	1.4455	3.8845	10.504	-0.0905	-0.0612	0.1331	0.5096	0.1387	0.5995	-1.5246	-1.1047	-0.0482	0.6201	0.0476	0.0959	0.4266	0.0144	0.2985	-28.7567	1.2029	127.5983
11	0.5485	1.6259	5.1138	7.5193	18.3625	51.4783	-0.1195	-0.5284	1.1028	0.4348	-0.0802	-0.156	-1.4555	-0.2016	0.1996	1.2166	-0.0093	0.219	0.8893	-0.1734	0.5752	-25.7536	7.9733	151.0325
12	3.7774	2.2206	-1.37	4.5548	6.3641	16.3156	-0.1054	-1.2113	0.3646	0.2777	-0.5979	-0.4872	-1.3934	-0.266	0.7033	1.9485	0.1476	0.112	1.4352	-0.0541	0.6808	-26.8048	13.0154	170.4979
13	2.7107	-2.0857	-5.8286	23.9031	27.1069	35.4836	-0.043	-0.2438	0.0693	1.4683	-0.7372	0.6993	1.1745	-1.693	0.7802	1.0656	0.0212	0.2724	0.7599	-0.0578	0.243	-29.1536	-3.8663	145.3329
14	3.1902	-0.3525	-3.9515	2.2174	9.9203	46.1804	0.1588	-0.1129	-0.9946	0.032	-0.5961	0.2378	1.3687	-1.3011	0.4373	0.4446	-0.0599	0.0766	0.3053	-0.1224	0.4	-25.8505	-8.2287	127.8284
15	3.8198	-3.464	1.8115	7.1674	6.949	19.1935	-0.1322	-0.242	-0.2609	0.4856	-0.0858	0.5148	0.4162	-0.7448	0.218	0.2229	-0.0647	-0.0124	0.0902	0.0003	0.1528	-19.2682	-8.104	115.389
16	6.4728	2.7119	2.6375	10.503	-7.9554	23.9303	-0.1469	-0.0565	0.4012	-0.1018	-0.0842	0.2674	-0.574	-0.595	0.2311	0.0384	0.0335	-0.0334	-0.0121	-0.0412	0.0809	-13.7106	-6.7107	105.4627
17	2.7973	-0.6092	-0.1756	2.3344	1.6556	5.3367	-0.2648	0.4095	-0.5159	-0.2924	0.0128	0.112	0.2706	-0.1112	0.2519	0.0656	-0.0045	-0.0401	0.0258	0.0051	0.0787	-3.4852	-8.3807	95.3584
18	21.8222	11.0576	-16.1158	7.6419	-2.8704	25.6568	-0.6369	0.6687	-1.6491	-0.3121	-0.052	0.1766	1.3481	-0.0874	0.6889	0.2288	0.0085	-0.0042	0.0912	-0.0921	0.3483	8.2941	-11.7338	82.198
19	16.2949	1.0044	-13.0175	0.1485	0.0517	18.8233	-0.7995	-0.2725	-1.3782	-0.6671	0.0247	-0.365	1.1583	0.6892	0.7748	0.4179	0.0571	0.2232	0.2792	0.0239	0.6459	23.3261	-11.1394	68.7608
20	8.063	1.4916	-4.0534	2.0943	-3.0049	21.5939	-0.6641	1.1954	-0.4571	-1.056	-0.1447	-0.159	0.4823	-0.4471	0.8088	0.7624	-0.0736	0.213	0.7601	-0.2003	0.5811	31.9981	-3.5531	42.8158
21	13.7997	0.6623	3.034	0.2976	-0.148	0.9914	-0.3975	1.6761	0.638	-1.1032	0.1082	-0.224	-0.6851	-0.0873	0.2893	0.6421	-0.0584	0.1212	0.7183	-0.0703	0.4138	34.7409	3.9117	49.5949
22	1.4943	-1.8692	-0.1891	2.3478	0.4578	5.0781	0.4361	0.7549	-0.3433	-0.417	-0.4559	-0.5134	-0.2936	0.5264	0.0198	0.2444	-0.0015	0.0554	0.4126	0.0519	0.3615	29.1236	6.4702	69.0595
23	17.6861	-10.9192	-12.6371	11.4104	9.6905	9.7933	0.3307	-0.2818	0.404	-0.2592	-0.0659	-0.3587	-0.5052	0.6077	-0.2648	0.093	-0.0082	-0.0679	0.1892	0.0585	0.1258	17.056	6.5666	83.6522
24	8.9019	-2.6192	-10.1549	2.7035	4.8005	13.2841	0.3047	-0.3315	0.5311	0.0442	-0.063	-0.2024	-0.702	0.892	-0.2417	0.1558	-0.0296	-0.0851	0.1011	0.0165	0.1231	5.5898	6.3522	98.8257
25	6.3346	5.1014	-4.9342	18.316	-0.4061	6.1398	0.441	-0.5329	-0.0012	0.8629	-0.3113	-0.3642	-0.5878	0.2753	-0.1297	0.2522	0.0177	-0.0742	0.1384	-0.0063	0.08	-4.409	1.4447	111.5418
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28	14.8949	0.5653	-11.2262	3.3569	2.8191	11.6184	0.3661	-0.8071	-0.0472	-0.0329	-0.4934	-0.5309	-0.3652	0.9654	0.1273	0.1952	0.0467	-0.027	0.4698	0.2151	0.3949	30.5011	3.3992	81.5403
29	15.1843	14.4622	-13.3695	14.3698	-11.0184	16.714	1.0368	-2.1758	-2.6097	-0.0928	-1.7399	-2.4229	-0.7372	1.0831	0.7031	0.3235	0.0531	-0.0201	0.6585	0.3185	0.7186	42.6695	8.8419	71.902
30	5.1105	11.4811	-4.7087	25.7929	-10.5784	4.3385	0.5679	-0.7146	-1.3753	0.5246	-0.0937	-1.4967	-1.138	0.3663	-0.4742	0.404	-0.0908	-0.0857	0.5276	0.1702	0.2998	43.2605	11.3947	64.6063
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33	8.7676	5.8017	1.2811	9.4528	3.7085	1.645	0.9934	0.1647	-0.0477	0.7565	0.7643	0.5272	-1.2424	1.0507	-1.7578	2.1134	-0.0155	0.1197	1.8526	-0.0133	0.9913	34.2243	14.0166	5.2198
34	9.6856	-21.2212	24.9819	46.4958	-54.7355	64.4355	0.5458	0.0923	-0.9463	-1.5723	0.4323	3.0395	2.0584	-1.5665	-0.9781	1.8621	-0.2316	0.0358	1.905	-0.1117	1.4951	44.8232	7.032	13.5691
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36	12.4069	0.1609	-7.9149	2.33	-1.283	5.6478	-0.4354	0.0774	-0.7449	-0.3466	-0.2617	-0.4443	0.4156	0.0326	0.6971	0.1773	0.0336	0.0127	0.2527	0.0509	0.3305	24.52	-5.785	78.6107
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39	4.4215	-1.1051	-4.4661	1.2392	4.4409	20.3984	-0.0852	-0.6585	-0.0195	0.6315	-0.2241	0.1805	0.0171	0.4335	0.3093	0.2554	-0.0322	-0.0183	0.1975	-0.0146	0.1413	-11.9116	-6.0475	123.959
40	15.3819	9.8718	1.9452	12.4914	8.0244	7.7047	0.6328	-1.7011	0.2002	2.0736	-1.1704	0.7761	1.0477	0.6659	0.5377	1.0244	0.0947	0.0845	0.6809	-0.0579	0.4207	-18.5776	-1.2107	145.3081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 52
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	53 - 64
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	65 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	82 - 96
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	97 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	107 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	116 - 119
10	X-RAY DIFFRACTION	9	A	125 - 129
11	X-RAY DIFFRACTION	10	A	130 - 147
12	X-RAY DIFFRACTION	11	A	148 - 163
13	X-RAY DIFFRACTION	12	A	164 - 180
14	X-RAY DIFFRACTION	12	A	184 - 202
15	X-RAY DIFFRACTION	13	A	203 - 218
16	X-RAY DIFFRACTION	14	A	219 - 227
17	X-RAY DIFFRACTION	15	A	228 - 236
18	X-RAY DIFFRACTION	16	A	237 - 242
19	X-RAY DIFFRACTION	17	A	243 - 255
20	X-RAY DIFFRACTION	18	A	256 - 266
21	X-RAY DIFFRACTION	19	A	267 - 281
22	X-RAY DIFFRACTION	20	A	282 - 301
23	X-RAY DIFFRACTION	21	B	14 - 27
24	X-RAY DIFFRACTION	22	B	28 - 42
25	X-RAY DIFFRACTION	23	B	43 - 52
26	X-RAY DIFFRACTION	24	B	53 - 66
27	X-RAY DIFFRACTION	25	B	67 - 76
28	X-RAY DIFFRACTION	26	B	77 - 88
29	X-RAY DIFFRACTION	27	B	89 - 100
30	X-RAY DIFFRACTION	28	B	101 - 114
31	X-RAY DIFFRACTION	29	B	115 - 122
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40	X-RAY DIFFRACTION	38	B	268 - 280
41	X-RAY DIFFRACTION	39	B	281 - 294
42	X-RAY DIFFRACTION	40	B	295 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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