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万見
- PDB-3m1p: Structure of ribose 5-phosphate isomerase type B from Trypanosoma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3m1p
タイトルStructure of ribose 5-phosphate isomerase type B from Trypanosoma cruzi, soaked with allose-6-phosphate
要素Ribose 5-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / type B ribose 5-phosphate isomerase / allose-6-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ribose 5-phosphate isomerase B / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB superfamily / Ribose/Galactose Isomerase / Ribose 5-phosphate Isomerase B; Chain: A, / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Ribose 5-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Naworyta, A. / Mowbray, S.L. / Stern, A.L.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Structures of type B ribose 5-phosphate isomerase from Trypanosoma cruzi shed light on the determinants of sugar specificity in the structural family.
著者: Stern, A.L. / Naworyta, A. / Cazzulo, J.J. / Mowbray, S.L.
履歴
登録2010年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose 5-phosphate isomerase
B: Ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7024
ポリマ－33,5122
非ポリマー1902
水2,450136
1
A: Ribose 5-phosphate isomerase
B: Ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Ribose 5-phosphate isomerase
B: Ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4058
ポリマ－67,0254
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area9430 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area21910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.763, 92.763, 93.094
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Ribose 5-phosphate isomerase


分子量: 16756.166 Da / 分子数: 2 / 変異: C69A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
遺伝子: Tc00.1047053509199.24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4CQE2, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2M sodium acetate, 0.1 M BIS-TRIS propane, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→65.71 Å / Num. all: 18940 / Num. obs: 18940 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.326.50.2682.81835128020.26892.6
2.32-2.466.60.2393.11711126060.23992.1
2.46-2.636.60.1794.11631824900.17991.6
2.63-2.846.50.1534.71490822780.15391.1
2.84-3.116.50.135.31372721050.1390.3
3.11-3.486.50.1026.51223118850.10289.3
3.48-4.026.30.087.91039516570.0888.5
4.02-4.9260.0629.3827413830.06285.9
4.92-6.966.90.05910.4764511090.05986.4
6.96-29.426.50.03815.340486250.03883

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.214 / WRfactor Rwork: 0.175 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.863 / SU B: 4.712 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.253 / SU Rfree: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 978 5.2 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 18909 89.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.76 Å2 / Biso mean: 21.072 Å2 / Biso min: 6.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 10 136 2486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1281.9393398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1345323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.90621.826115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6115415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0611529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021929
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.21741
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5921.51625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00222550
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4693968
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3934.5848
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 67 -
Rwork0.187 1340 -
all-1407 -
obs--91.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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