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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lyf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Rift Valley Fever Virus Nucleocapsid Protein | ||||||
要素 | Nucleocapsid proteinウイルス | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / nucleocapsid protein (ウイルス) / N protein / Rift Valley fever virus (リフトバレー熱) / ribonucleoprotein (核タンパク質) / Viral nucleoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Raymond, D.D. / Smith, J.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Structure of the Rift Valley fever virus nucleocapsid protein reveals another architecture for RNA encapsidation. 著者: Raymond, D.D. / Piper, M.E. / Gerrard, S.R. / Smith, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lyf.cif.gz | 205.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lyf.ent.gz | 165.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lyf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/3lyf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27366.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) 株: ZH-501 / 遺伝子: N / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI/pRARE2 / 参照: UniProt: D3K5I7 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.39 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 26% PEG 3350, 100 mM Na/K phosphate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 90337 / Num. obs: 87736 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 12642 / % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.93→46.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 3.64 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.134 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→46.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.93→1.977 Å / Total num. of bins used: 20
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