+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lwh | ||||||
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Title | Crystal structure of Cren7-dsDNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / beta-sheet / DNA-binding / Methylation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Sulfolobus solfataricus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Zhang, Z.F. / Gong, Y. / Guo, L. / Jiang, T. / Huang, L. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2010 Title: Structural insights into the interaction of the crenarchaeal chromatin protein Cren7 with DNA Authors: Zhang, Z.F. / Gong, Y. / Guo, L. / Jiang, T. / Huang, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lwh.cif.gz | 36.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3lwh.ent.gz | 22.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lwh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/3lwh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3lwiC 2jtmS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 6677.914 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus solfataricus (archaea) / Strain: P2 / Gene: creN7, SSO6901 / Plasmid: pET30a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2 (DE3) plysS / References: UniProt: Q97ZE3 | ||
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#2: DNA chain | Mass: 2425.629 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.8 Details: 30% PEG1500, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97947 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 28, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97947 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. obs: 9660 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 44 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.98 Å / Redundancy: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2JTM Resolution: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.771 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.148 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.672 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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