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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lqn | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CBS Domain-containing Protein of Unknown Function from Bacillus anthracis str. Ames Ancestor | ||||||
要素 | CBS domain proteinCBSドメイン | ||||||
キーワード | Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Unknown function / CBS domain (CBSドメイン) / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CBS-domain / CBS-domain / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Mulligan, R. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of CBS Domain-containing Protein of Unknown Function from Bacillus anthracis str. Ames Ancestor 著者: Kim, Y. / Mulligan, R. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lqn.cif.gz | 80.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lqn.ent.gz | 59.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lqn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/3lqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/3lqn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2emqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17054.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS3893, BA_4196, GBAA4196, GBAA_4196 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q81MQ0, UniProt: A0A3P1U8K3*PLUS | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.06 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 10.5 詳細: 0.2M litium sulphate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 2.0 M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97926 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 12662 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 28.91 Å2 / Rsym value: 0.029 / Net I/σ(I): 23.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 81.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2EMQ 解像度: 1.8→24.4 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.472 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.7088 Å / Origin y: 18.3059 Å / Origin z: 10.094 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A |