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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lm0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human Serine/Threonine Kinase 17B (STK17B) | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase 17B | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / STK17B / serine/threonine kinase 17B / DRAK2 / DAP kinase related apoptosis-inducing protein kinase 2 / death-associated protein kinase-related 2 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / Apoptosis (アポトーシス) / ATP-binding / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / マイクロフィラメント / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation ...positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / マイクロフィラメント / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Ugochukwu, E. / Soundararajan, M. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Phillips, C. / Wang, J. / Hapka, E. / Filippakopoulos, P. / Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. ...Ugochukwu, E. / Soundararajan, M. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Phillips, C. / Wang, J. / Hapka, E. / Filippakopoulos, P. / Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lm0.cif.gz | 74.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lm0.ent.gz | 54 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lm0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/3lm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/3lm0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3ehaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37327.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DRAK2, STK17B / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 参照: UniProt: O94768, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-EBD / [ |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M (NH4)3(cit)20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: MAR225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→52.61 Å / Num. obs: 17724 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3EHA.pdb 解像度: 2.35→52.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 13.681 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→52.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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