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Yorodumi- PDB-3ljy: Crystal structure of putative adhesin (YP_001304413.1) from Parab... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ljy | ||||||
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Title | Crystal structure of putative adhesin (YP_001304413.1) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.41 A resolution | ||||||
Components | putative adhesin | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Lipoprotein / Adhesin | ||||||
Function / homology | Pectate Lyase C-like - #120 / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / DUF2807 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Parabacteroides distasonis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.41 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of putative adhesin (YP_001304413.1) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.41 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ljy.cif.gz | 146.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ljy.ent.gz | 117.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ljy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/3ljy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/3ljy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Details | SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
-Components
#1: Protein | Mass: 26009.008 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Parabacteroides distasonis (bacteria) / Strain: ATCC 8503 / DSM 20701 / NCTC 11152 / Gene: BDI_3085 / Plasmid: SpeedET / Production host: Escherichia Coli (E. coli) / Strain (production host): HK100 / References: UniProt: A6LGH7 #2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | ChemComp-PGE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE CONSTRUCT (21-262) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (21-262) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 22.0000% polyethylene glycol 6000, 1.0000M lithium chloride, 0.1M TRIS pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 0.91837,0.97925,0.97876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 7, 2009 / Details: Flat mirror (vertical focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.41→29.761 Å / Num. obs: 32190 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 53.817 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.41→29.761 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 16.34 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.238 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. (3). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING ...Details: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. (3). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (4). A CL ION FROM CRYSTALLIZATION CONDITION, AND PEG6000 OR PEG200 FRAGMENTS (PEG AND PGE) FROM CRYSTALLIZATION OR CRYO SOLUTION ARE MODELED.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 80.61 Å2 / Biso mean: 49.559 Å2 / Biso min: 20.74 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.41→29.761 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.41→2.467 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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