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Yorodumi- PDB-3lj7: 3D-crystal structure of humanized-rat fatty acid amide hydrolase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lj7 | ||||||
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Title | 3D-crystal structure of humanized-rat fatty acid amide hydrolase (FAAH) conjugated with Carbamate inhibitor URB597 | ||||||
Components | Fatty-acid amide hydrolase 1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / protein-inhibitor complex / FAAH / fatty acid amide hydrolase / carbamate / inhibitor / covalent / Endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / Membrane / Transmembrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information Arachidonic acid metabolism / fatty acid amide hydrolase / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / acylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases / hydrolase activity, acting on ester bonds / organelle membrane ...Arachidonic acid metabolism / fatty acid amide hydrolase / fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process / acylglycerol lipase activity / amidase activity / fatty acid catabolic process / Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases / hydrolase activity, acting on ester bonds / organelle membrane / positive regulation of vasoconstriction / fatty acid metabolic process / phospholipid binding / Golgi membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Mileni, M. / Stevens, R.C. / Kamtekar, S. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: Crystal structure of fatty acid amide hydrolase bound to the carbamate inhibitor URB597: discovery of a deacylating water molecule and insight into enzyme inactivation Authors: Mileni, M. / Kamtekar, S. / Wood, D.C. / Benson, T.E. / Cravatt, B.F. / Stevens, R.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3lj7.cif.gz | 439 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3lj7.ent.gz | 359.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3lj7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/3lj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/3lj7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3lj6C 2wj1S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 63111.664 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: deltaTM-FAAH (UNP residues 30-579) Mutation: Trans-membrane deletion (1-30); L192F, F194Y, A377T, S435N, I491V, V495M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Faah, Faah1 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: P97612, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 30% PEG400, 100 mM TrisHCl, 100 mM MgCl2, 100 mM NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.03317 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 12, 2008 |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03317 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. all: 70007 / Num. obs: 70007 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 46.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2WJ1 Resolution: 2.3→29.795 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 2 / Phase error: 20.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.978 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→29.795 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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