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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lfz | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Protein MJ1225 from Methanocaldococcus jannaschii, a putative archaeal homolog of g-AMPK. | ||||||
要素 | protein MJ1225 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / MJ1225 / AMPK / AMP / ADP (アデノシン二リン酸) / CBS DOMAIN (CBSドメイン) / ARCHAEA (古細菌) / METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタノカルドコックス・ヤンナスキイ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CBS-domain / CBS-domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Kortazar, D. / Martinez-Cruz, L.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: The crystal structure of protein MJ1225 from Methanocaldococcus jannaschii shows strong conservation of key structural features seen in the eukaryal gamma-AMPK. 著者: Gomez-Garcia, I. / Oyenarte, I. / Martinez-Cruz, L.A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009 タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of protein MJ1225 from Methanocaldococcus jannaschii, a putative archaeal homologue of gamma-AMPK. 著者: Gomez Garcia, I. / Kortazar, D. / Oyenarte, I. / Mato, J.M. / Martinez-Chantar, M.L. / Martinez-Cruz, L.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lfz.cif.gz | 71.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lfz.ent.gz | 53.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lfz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lfz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31761.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ1225 / プラスミド: pET101-D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58622 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ADP / | #4: 化合物 | ChemComp-AMP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Ligand soaks, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9395 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→78.81 Å / Num. obs: 15961 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3KPD 解像度: 2.2→78.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 7.68 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.786 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→78.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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