PDB-5wqi: Structure of fungal meroterpenoid isomerase Trt14 complexed with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wqi

タイトル

Structure of fungal meroterpenoid isomerase Trt14 complexed with hydrolyzed product

要素

Isomerase trt14

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) /

meroterpenoid / terretonin

機能・相同性

異性化酵素 / terpenoid biosynthetic process /

isomerase activity / Chem-7X0 / Isomerase trt14

機能・相同性情報

生物種

Aspergillus terreus NIH 2624 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.899 Å

データ登録者

Mori, T. / Matsuda, Y. / Abe, I.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Molecular basis for the unusual ring reconstruction in fungal meroterpenoid biogenesis
著者: Mori, T. / Iwabuchi, T. / Hoshino, S. / Wang, H. / Matsuda, Y. / Abe, I.

履歴

登録	2016年11月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wqi.cif.gz	202.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wqi.ent.gz	159.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wqi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/5wqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/5wqi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wqfSC 5wqgC 5wqhC 5x9jC 5x9kC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wqg-1 5wqh-3 5wqg-2 5wqf-2 5wqf-3 5wqh-1 2fsn-2 5wqh-2 4oyd-2 6iwb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isomerase trt14

B: Isomerase trt14

C: Isomerase trt14

D: Isomerase trt14

E: Isomerase trt14

F: Isomerase trt14

ヘテロ分子

113 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isomerase trt14

D: Isomerase trt14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Isomerase trt14

C: Isomerase trt14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Isomerase trt14

F: Isomerase trt14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.520, 47.530, 121.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Isomerase trt14 / Terretonin synthesis protein 14 分子量: 18323.566 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus terreus NIH 2624 (カビ) 株: NIH 2624 / 遺伝子: trt14, ATEG_10082 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0C8A2
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-7X0 / (1R,2S,4aS,4bS,8aS,10S,10aS)-2-[(2S)-3-methoxy-2-methyl-2-oxidanyl-3-oxidanylidene-propanoyl]-2,3,4b,8,8,10a-hexamethyl-10-oxidanyl-7,9-bis(oxidanylidene)-1,4a,5,6,8a,10-hexahydrophenanthrene-1-carboxylic acid 分子量: 492.559 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₆O₉
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM Imidazole (pH 8.0), 10% PEG 8000, 100mM Ca(OAc)2, 2% 1-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 85146 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.74 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.92
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / CC_1/2: 0.828 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WQF

5wqf

解像度: 1.899→47.3 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	4258	5 %
R_work	0.1983	-	-
obs	0.2002	85141	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.899→47.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6703	0	217	719	7639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7050
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.191	9614
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.726	4687
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1222

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8987-1.9202	0.3232	120	0.2822	2277	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9202-1.9428	0.2845	142	0.2721	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9428-1.9665	0.2872	144	0.2413	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9665-1.9914	0.2468	140	0.2347	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9914-2.0176	0.3395	141	0.2343	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0176-2.0453	0.2732	142	0.2305	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0453-2.0745	0.3091	143	0.2267	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0745-2.1054	0.2438	141	0.2226	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1054-2.1383	0.232	142	0.2186	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1383-2.1734	0.2632	144	0.2075	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1734-2.2109	0.2531	140	0.2037	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2109-2.2511	0.2713	143	0.2079	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2511-2.2944	0.2428	142	0.2079	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2944-2.3412	0.224	141	0.2028	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3412-2.3921	0.2355	143	0.2028	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3921-2.4478	0.2281	142	0.2032	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4478-2.509	0.2457	143	0.1935	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.509-2.5768	0.2232	142	0.1998	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5768-2.6526	0.2732	144	0.2086	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6526-2.7382	0.2794	141	0.219	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7382-2.8361	0.2616	144	0.2126	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8361-2.9496	0.2499	143	0.2072	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9496-3.0838	0.2563	142	0.2129	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0838-3.2464	0.2716	144	0.2094	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2464-3.4497	0.2272	145	0.1885	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4497-3.716	0.215	143	0.183	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.716-4.0898	0.2154	144	0.1723	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0898-4.6811	0.1838	145	0.1542	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6811-5.8959	0.2022	146	0.1798	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8959-47.315	0.1899	142	0.1952	2680	X-RAY DIFFRACTION	93

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)