+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3leo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of human Leukotriene C4 synthase mutant R31Q in complex with glutathione | ||||||
要素 | Leukotriene C4 synthase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Leukotriene C4 synthase / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Leukotriene biosynthesis / Membrane (生体膜) / Nucleus (Nucleus) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Synthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene biosynthetic process ...Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Synthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene biosynthetic process / glutathione peroxidase activity / nuclear outer membrane / long-chain fatty acid biosynthetic process / glutathione transferase activity / enzyme activator activity / 核膜 / 核膜 / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Niegowski, D. / Martinez-Molina, D. / Rinaldo-Matthis, A. / Nordlund, P. / Haeggstrom, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Arginine 104 is a key catalytic residue in leukotriene C4 synthase. 著者: Rinaldo-Matthis, A. / Wetterholm, A. / Martinez Molina, D. / Holm, J. / Niegowski, D. / Ohlson, E. / Nordlund, P. / Morgenstern, R. / Haeggstrom, J.Z. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3leo.cif.gz | 86.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3leo.ent.gz | 64 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3leo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3leo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3leo | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| x 12||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 17251.283 Da / 分子数: 1 / 変異: R31Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q16873, leukotriene-C4 synthase |
---|---|
#7: 糖 | ChemComp-LMT / |
-非ポリマー , 7種, 90分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PLM / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GSH / | #8: 化合物 | ChemComp-GOL / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2 M AmSO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月18日 / 詳細: Horizontally bended Ge(220) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.91→50 Å / Num. all: 31399 / Num. obs: 31117 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 20.85 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.014 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 91.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2UUH 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 5.699 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.111 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
|