PDB-3l88: Crystal structure of the human Adenovirus type 21 fiber knob

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l88

タイトル

Crystal structure of the human Adenovirus type 21 fiber knob

要素

Fiber protein

繊維状タンパク質

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

Adenovirus (アデノウイルス) / Fiber Knob

機能・相同性

機能・相同性情報

adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell /

カプシド /

細胞接着 / symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能

生物種

Human adenovirus 21 (ヒトアデノウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Cupelli, K. / Jost, M. / Persson, B.D. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Structure of adenovirus type 21 knob in complex with CD46 reveals key differences in receptor contacts among species B adenoviruses.
著者: Cupelli, K. / Muller, S. / Persson, B.D. / Jost, M. / Arnberg, N. / Stehle, T.

履歴

登録	2009年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l88.cif.gz	419.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l88.ent.gz	344.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l88.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/3l88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/3l88	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3l89C 1h7zS 2qlk 3bq4 3exv C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3cnc-1 4liy-d 5ivk-d 3exv-1 5bmt-d 3cnc-2 2qlk-1 3bq4-2 6b58-2 4wyj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Fiber protein

B: Fiber protein

C: Fiber protein

D: Fiber protein

E: Fiber protein

F: Fiber protein

G: Fiber protein

H: Fiber protein

I: Fiber protein

J: Fiber protein

K: Fiber protein

L: Fiber protein

ヘテロ分子

267 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fiber protein

B: Fiber protein

C: Fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.8 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Fiber protein

E: Fiber protein

F: Fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Fiber protein

H: Fiber protein

I: Fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Fiber protein

K: Fiber protein

L: Fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.8 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.000, 63.920, 209.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.70, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	PRO	PRO	A	A	132 - 140	10 - 18
2	1	ASN	ASN	PRO	PRO	B	B	132 - 140	10 - 18
3	1	ASN	ASN	PRO	PRO	C	C	132 - 140	10 - 18
4	1	ASN	ASN	PRO	PRO	D	D	132 - 140	10 - 18
5	1	ASN	ASN	PRO	PRO	E	E	132 - 140	10 - 18
6	1	ASN	ASN	PRO	PRO	F	F	132 - 140	10 - 18
7	1	ASN	ASN	PRO	PRO	G	G	132 - 140	10 - 18
8	1	ASN	ASN	PRO	PRO	H	H	132 - 140	10 - 18
9	1	ASN	ASN	PRO	PRO	I	I	132 - 140	10 - 18
10	1	ASN	ASN	PRO	PRO	J	J	132 - 140	10 - 18
11	1	ASN	ASN	PRO	PRO	K	K	132 - 140	10 - 18
12	1	ASN	ASN	PRO	PRO	L	L	132 - 140	10 - 18
1	2	THR	THR	PRO	PRO	A	A	150 - 241	28 - 119
2	2	THR	THR	PRO	PRO	B	B	150 - 241	28 - 119
3	2	THR	THR	PRO	PRO	C	C	150 - 241	28 - 119
4	2	THR	THR	PRO	PRO	D	D	150 - 241	28 - 119
5	2	THR	THR	PRO	PRO	E	E	150 - 241	28 - 119
6	2	THR	THR	PRO	PRO	F	F	150 - 241	28 - 119
7	2	THR	THR	PRO	PRO	G	G	150 - 241	28 - 119
8	2	THR	THR	PRO	PRO	H	H	150 - 241	28 - 119
9	2	THR	THR	PRO	PRO	I	I	150 - 241	28 - 119
10	2	THR	THR	PRO	PRO	J	J	150 - 241	28 - 119
11	2	THR	THR	PRO	PRO	K	K	150 - 241	28 - 119
12	2	THR	THR	PRO	PRO	L	L	150 - 241	28 - 119
1	3	GLU	GLU	SER	SER	A	A	250 - 262	128 - 140
2	3	GLU	GLU	SER	SER	B	B	250 - 262	128 - 140
3	3	GLU	GLU	SER	SER	C	C	250 - 262	128 - 140
4	3	GLU	GLU	SER	SER	D	D	250 - 262	128 - 140
5	3	GLU	GLU	SER	SER	E	E	250 - 262	128 - 140
6	3	GLU	GLU	SER	SER	F	F	250 - 262	128 - 140
7	3	GLU	GLU	SER	SER	G	G	250 - 262	128 - 140
8	3	GLU	GLU	SER	SER	H	H	250 - 262	128 - 140
9	3	GLU	GLU	SER	SER	I	I	250 - 262	128 - 140
10	3	GLU	GLU	SER	SER	J	J	250 - 262	128 - 140
11	3	GLU	GLU	SER	SER	K	K	250 - 262	128 - 140
12	3	GLU	GLU	SER	SER	L	L	250 - 262	128 - 140
1	4	LEU	LEU	MET	MET	A	A	267 - 275	145 - 153
2	4	LEU	LEU	MET	MET	B	B	267 - 275	145 - 153
3	4	LEU	LEU	MET	MET	C	C	267 - 275	145 - 153
4	4	LEU	LEU	MET	MET	D	D	267 - 275	145 - 153
5	4	LEU	LEU	MET	MET	E	E	267 - 275	145 - 153
6	4	LEU	LEU	MET	MET	F	F	267 - 275	145 - 153
7	4	LEU	LEU	MET	MET	G	G	267 - 275	145 - 153
8	4	LEU	LEU	MET	MET	H	H	267 - 275	145 - 153
9	4	LEU	LEU	MET	MET	I	I	267 - 275	145 - 153
10	4	LEU	LEU	MET	MET	J	J	267 - 275	145 - 153
11	4	LEU	LEU	MET	MET	K	K	267 - 275	145 - 153
12	4	LEU	LEU	MET	MET	L	L	267 - 275	145 - 153
1	5	VAL	VAL	ASP	ASP	A	A	285 - 321	163 - 199
2	5	VAL	VAL	ASP	ASP	B	B	285 - 321	163 - 199
3	5	VAL	VAL	ASP	ASP	C	C	285 - 321	163 - 199
4	5	VAL	VAL	ASP	ASP	D	D	285 - 321	163 - 199
5	5	VAL	VAL	ASP	ASP	E	E	285 - 321	163 - 199
6	5	VAL	VAL	ASP	ASP	F	F	285 - 321	163 - 199
7	5	VAL	VAL	ASP	ASP	G	G	285 - 321	163 - 199
8	5	VAL	VAL	ASP	ASP	H	H	285 - 321	163 - 199
9	5	VAL	VAL	ASP	ASP	I	I	285 - 321	163 - 199
10	5	VAL	VAL	ASP	ASP	J	J	285 - 321	163 - 199
11	5	VAL	VAL	ASP	ASP	K	K	285 - 321	163 - 199
12	5	VAL	VAL	ASP	ASP	L	L	285 - 321	163 - 199

#1: タンパク質	Fiber protein / 繊維状タンパク質分子量: 22218.797 Da / 分子数: 12 / 断片: Ad21 fiber knob (UNP residues 123-323) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human adenovirus 21 (ヒトアデノウイルス) 株: 2145 / 遺伝子: 32608, L5 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q2KS96
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 22% PEG 3000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年8月31日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.45 Å / Num. all: 78468 / Num. obs: 71876 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.83
反射シェル	解像度: 2.5→2.68 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H7Z

1h7z

解像度: 2.5→49.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.875 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.852 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 11.214 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25905	3593	5 %	RANDOM
R_work	0.23418	-	-	-
obs	0.23543	68282	91.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.222 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	-0.36 Å²
2-	-	-0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17035	0	37	67	17139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.022	17441
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.594	1.956	23781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.03	5	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.455	25.382	747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.15	15	2827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.034	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13073
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.3	6405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.5	12017
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.5	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.346	0.3	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.327	0.5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.374	2	10987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.916	3	17910
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.818	2	6680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.259	3	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1130 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.03	0.05
2	B	tight positional	0.03	0.05
3	C	tight positional	0.03	0.05
4	D	tight positional	0.03	0.05
5	E	tight positional	0.1	0.05
6	F	tight positional	0.03	0.05
7	G	tight positional	0.03	0.05
8	H	tight positional	0.03	0.05
9	I	tight positional	0.03	0.05
10	J	tight positional	0.03	0.05
11	K	tight positional	0.03	0.05
12	L	tight positional	0.03	0.05
1	A	tight thermal	0.08	0.5
2	B	tight thermal	0.08	0.5
3	C	tight thermal	0.08	0.5
4	D	tight thermal	0.07	0.5
5	E	tight thermal	0.08	0.5
6	F	tight thermal	0.08	0.5
7	G	tight thermal	0.08	0.5
8	H	tight thermal	0.08	0.5
9	I	tight thermal	0.08	0.5
10	J	tight thermal	0.07	0.5
11	K	tight thermal	0.08	0.5
12	L	tight thermal	0.08	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	230	-
R_work	0.298	4377	-
obs	-	-	79.68 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)