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- PDB-5ivk: The alpha-esterase-7 carboxylesterase, E3, from the blowfly Lucil... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ivk | ||||||
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Title | The alpha-esterase-7 carboxylesterase, E3, from the blowfly Lucilia cuprina: phosphorylated-enzyme ensemble refinement | ||||||
![]() | Carboxylic ester hydrolase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Correy, G.J. / Jackson, C.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Mapping the Accessible Conformational Landscape of an Insect Carboxylesterase Using Conformational Ensemble Analysis and Kinetic Crystallography. Authors: Correy, G.J. / Carr, P.D. / Meirelles, T. / Mabbitt, P.D. / Fraser, N.J. / Weik, M. / Jackson, C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 17 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 15 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4qwmC ![]() 4ubiC ![]() 4ubjC ![]() 4ubkC ![]() 4ublC ![]() 4ubmC ![]() 4ubnC ![]() 4uboC ![]() 4w1pC ![]() 4w1qC ![]() 4w1rC ![]() 4w1sC ![]() 5ch3C ![]() 5ch5C ![]() 5ivdC ![]() 5ivhC ![]() 5iviC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Number of models | 43 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 66432.844 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: LcaE7 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q25252, ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-DPF / |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.62 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100mM sodium acetate pH 4.5, PEG 2K MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 12, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.53→42 Å / Num. obs: 89882 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.7 % / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.53→1.56 Å / Redundancy: 12 % / Rmerge(I) obs: 1.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.53→42.01 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.81
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.53→42.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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