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Yorodumi- PDB-3kwl: Crystal structure of a hypothetical protein from Helicobacter pylori -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3kwl | ||||||
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Title | Crystal structure of a hypothetical protein from Helicobacter pylori | ||||||
Components | uncharacterized protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / putative oxidoreductase / multidomain | ||||||
Function / homology | Function and homology information Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 - #20 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #140 / Rossmann fold - #11810 / Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 / Beta-grasp domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold ...Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 - #20 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #140 / Rossmann fold - #11810 / Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 / Beta-grasp domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.94 Å | ||||||
Authors | Lam, R. / Thompson, C.M. / Vodsedalek, J. / Lam, K. / Romanov, V. / Battaile, K.P. / Beletskaya, I. / Gordon, E. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a hypothetical protein from Helicobacter pylori Authors: Lam, R. / Thompson, C.M. / Vodsedalek, J. / Lam, K. / Romanov, V. / Battaile, K.P. / Beletskaya, I. / Gordon, E. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3kwl.cif.gz | 117.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3kwl.ent.gz | 93 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3kwl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kwl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The protein is monomeric with one molecule in the asymmetric unit. |
-Components
#1: Protein | Mass: 60115.242 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (bacteria) / Gene: HPAG1_0444 / Plasmid: pW2 (based on pET15B) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)CodonPlus RIPL |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 22% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-BM / Wavelength: 0.9796 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Oct 29, 2008 / Details: Si(111) double-crystal monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double-crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.94→50 Å / Num. obs: 39957 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.288 / Net I/σ(I): 10.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 39922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.94→30.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.217 / WRfactor Rwork: 0.176 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 8.2 / SU ML: 0.106 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.148 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 51.72 Å2 / Biso mean: 22.662 Å2 / Biso min: 9.53 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.94→30.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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