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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3keb | ||||||
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タイトル | Thiol peroxidase from Chromobacterium violaceum | ||||||
要素 | Probable thiol peroxidase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / structural genomics (構造ゲノミクス) / APC40679 / thiol peroxidase. / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Peroxidase (ペルオキシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Probable thiol peroxidase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Chromobacterium violaceum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Osipiuk, J. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: X-ray crystal structure of thiol peroxidase from Chromobacterium violaceum 著者: Osipiuk, J. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3keb.cif.gz | 174.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3keb.ent.gz | 139.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3keb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/3keb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/3keb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1q98S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25615.123 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア) 株: ATCC 12472 / 遺伝子: CV_3708 / プラスミド: pET15b modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7NRS2, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.52 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG-3350, 0.2 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月18日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→43 Å / Num. all: 74165 / Num. obs: 74165 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 2.218 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique all: 3250 / Χ2: 1.292 / % possible all: 88.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1Q98 解像度: 1.8→43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / SU B: 6.975 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.17 Å2 / Biso mean: 18.685 Å2 / Biso min: 2.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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