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万見
- PDB-3kco: Room temperature neutron structure of D-Xylose Isomerase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kco
タイトルRoom temperature neutron structure of D-Xylose Isomerase in complex with two Ni2+ cations and d12-D-glucose in the linear form (refined jointly with X-ray structure 3KBN)
要素Xylose isomeraseキシロースイソメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / xylose isomerase (キシロースイソメラーゼ) / deuterated glucose / Carbohydrate metabolism (炭水化物代謝) / Metal-binding / Pentose shunt (ペントースリン酸経路) / Xylose metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


キシロースイソメラーゼ / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / キシロースイソメラーゼ / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / グルコース / NICKEL (II) ION / キシロースイソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法中性子回折 / X線回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kovalevsky, A.Y. / Langan, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Metal ion roles and the movement of hydrogen during reaction catalyzed by D-xylose isomerase: a joint x-ray and neutron diffraction study.
著者: Kovalevsky, A.Y. / Hanson, L. / Fisher, S.Z. / Mustyakimov, M. / Mason, S.A. / Forsyth, V.T. / Blakeley, M.P. / Keen, D.A. / Wagner, T. / Carrell, H.L. / Katz, A.K. / Glusker, J.P. / Langan, P.
履歴
登録2009年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Data collection
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.42018年6月20日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l
改定 1.52020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6405
ポリマ－43,2831
非ポリマー3564
水5,567309
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,55820
ポリマ－173,1334
非ポリマー1,42516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-11
crystal symmetry operation4_554x,-y,-z-11
Buried area35010 Å2
ΔGint-347 kcal/mol
Surface area46270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.007, 99.669, 102.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1192-

DOD

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase / キシロースイソメラーゼ


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE PROTEIN WAS PURCHASED FROM HAMPTON RESEARCH
由来: (組換発現) Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
遺伝子: xylA / 参照: UniProt: P24300, キシロースイソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 糖 ChemComp-GLO / D-glucose / D-GLUCOSE IN LINEAR FORM / グルコ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水 / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
由来についての詳細THE PROTEIN WAS PURCHASED FROM HAMPTON RESEARCH

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.7
詳細: 50MM HEPES, 40% v/v (NH4)2SO4 (sat.), protein 40 MG/ML, PH=7.7, BATCH METHOD, APO-XI CRYSTALS WERE SOAKED WITH 5mM NiCl2 SALT, 0.5M PER-DEUTERATED D-GLUCOSE IN D2O, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORLANSCE PCS10.7-6.5
回転陽極21.54
検出器
タイプID検出器日付
TIME-OF-FLIGHT MULTIWIRE HE31AREA DETECTOR2008年10月10日
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2009年3月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LAUELneutron1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.71
26.51
31.541
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 37568 / Num. obs: 27031 / % possible obs: 72 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.236 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 72.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PCSsoftwareデータ収集
nCNS精密化
d*TREKMODIFIED FOR NEUTRONデータ削減
LAUENORMMODIFIED FOR NEUTRONデータスケーリング
nCNS位相決定
精密化

% reflection Rfree: 5.1 % / R Free selection details: RANDOM / σ(F): 3 / 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 3CWH

3cwh

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkNum. reflection RfreeNum. reflection allNum. reflection obsDiffraction-ID立体化学のターゲット値
1.8-20NEUTRON DIFFRACTION0.2940.273138837568270311ENGH AND HUBER
1.53-20X-RAY DIFFRACTION0.2110.1993281
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3054 0 15 309 3378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONc_bond_d0.007
NEUTRON DIFFRACTIONc_angle_deg1.011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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