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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kc2
タイトルCrystal structure of mitochondrial HAD-like phosphatase from Saccharomyces cerevisiae
要素Uncharacterized protein YKR070W
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Had-like / mitochondral protein / PSI / MCSG / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerophospholipid biosynthetic process / 加水分解酵素 / hydrolase activity / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA, CECR5 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Mitochondrial hydrolase YKR070W
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Nocek, B. / Evdokimova, E. / Kuznetsova, K. / Iakunine, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of mitochondrial HAD-like phosphatase from Saccharomyces cerevisiae
著者: Nocek, B. / Evdokimova, E. / Kuznetsova, K. / Iakunine, A. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YKR070W
B: Uncharacterized protein YKR070W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7389
ポリマ-79,2852
非ポリマー4537
15,853880
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.734, 67.095, 76.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein YKR070W


分子量: 39642.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YKR070W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36151
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.86 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 200mM Na,K phosphate, Hepes, 2mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40 Å / Num. obs: 99129 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.597 / SU ML: 0.042 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 4956 5 %RANDOM
Rwork0.144 ---
obs0.145 94110 99.5 %-
all-99100 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å2-1.05 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5109 0 23 880 6012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.9637153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93538687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0785652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.19324.286245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46915880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8531530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7741.53229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2471.51307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3925223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36832035
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6664.51925
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 350 -
Rwork0.283 6787 -
obs--97.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2050.2587-0.10091.7003-0.74734.21720.02270.1058-0.0586-0.0013-0.09810.0913-0.0002-0.18630.07540.05960.0118-0.00980.1157-0.02980.091317.0962.2819-3.2916
20.50040.149-0.91421.9873-0.56425.62580.00380.1894-0.19-0.0691-0.08960.22540.1164-0.48350.08580.0527-0.0221-0.03570.1675-0.08050.120712.022956.5844-7.0006
30.9386-0.35450.42030.5372-0.10861.72840.08020.1238-0.1328-0.0627-0.04230.02950.0797-0.0575-0.03790.09080.0012-0.00710.1081-0.02860.08823.65159.3094-6.2526
46.30531.94342.04312.39621.7853.2769-0.00410.0859-0.2410.0899-0.10.05970.2478-0.07130.10410.1033-0.0235-0.00940.0873-0.06440.096521.110150.9092-3.7953
50.8361-0.08570.99020.19510.091.35450.0370.1988-0.0377-0.0171-0.00620.0038-0.02380.2117-0.03070.07990.00140.00930.1215-0.01880.06739.684461.24412.4251
61.8726-0.0592-0.0441.03840.38170.47080.04680.0451-0.11260.13020.0324-0.04090.10190.0506-0.07920.1130-0.00690.0661-0.00630.087344.42557.987824.6578
76.4012-1.2466-3.75842.04421.50598.1434-0.2547-0.0597-0.52390.16940.03690.08230.31650.36070.21780.09170.00360.00720.0349-0.00460.148239.42848.196920.1256
83.61492.5870.3312.92880.3170.69960.01240.2491-0.18860.02240.1063-0.16160.03670.1715-0.11860.063-0.0027-0.00210.1152-0.04150.083251.242557.276812.751
90.4484-0.07050.27360.3863-0.07370.6786-0.01930.07880.00130.02170.01540.0153-0.01790.03860.00390.0837-0.01740.00430.0722-0.00270.084640.484166.382315.3683
102.9313-1.34090.59673.72232.361.7878-0.10540.17410.2124-0.08460.0858-0.1637-0.14010.12460.01970.0672-0.0317-0.01340.0715-0.00130.075552.456373.044819.0333
111.5620.91291.15821.81690.81151.6752-0.02570.19950.14-0.0219-0.0493-0.042-0.05160.12580.0750.093-0.0259-0.01060.0780.03060.077741.548575.273911.1327
121.17180.27910.25710.27280.07820.5865-0.06220.06670.0663-0.01270.0180.0103-0.0639-0.00730.04420.1006-0.012700.05390.00930.085629.594372.256614.952
130.4102-0.31120.12451.91971.18692.12710.06580.15230.0441-0.1402-0.1096-0.049-0.17260.10720.04380.0840.01280.00620.10580.01320.061628.68570.7929-7.9418
141.8823-2.438-0.139714.96313.47143.08240.08060.35420.0525-0.83270.03640.03220.06450.4037-0.1170.160.0482-0.00370.1813-0.00290.012625.430867.9025-19.6972
150.47960.1876-0.49370.6817-0.43341.6840.06030.07680.0394-0.0545-0.03730.091-0.117-0.1279-0.0230.09020.03090.00220.10260.00650.075617.315573.1806-4.016
164.0740.6434-5.11674.4362-3.322719.29650.3745-0.16120.410.3958-0.00290.1091-1.5380.03-0.37160.1770.06830.02870.0849-0.02730.166710.96478.195.1868
170.8390.46551.3345-0.44580.70653.3360.09660.1639-0.02170.0521-0.11160.15180.0425-0.52860.0150.04760.0347-0.02160.3017-0.05630.22696.742466.2863-4.321
1817.33245.438324.512828.3752-1.379830.9102-0.83970.51091.0542-1.0461-0.03150.9073-0.65860.56090.87120.07730.008-0.09220.36130.15430.24697.062970.4973-13.5575
190.8166-0.40230.17741.67171.37364.142-0.0544-0.158-0.0066-0.00990.02450.00760.07550.04010.02990.07980.02730.00090.09490.00020.080946.529166.13646.6683
201.83-0.37480.59010.3226-0.16771.327-0.0334-0.2835-0.1180.0150.06740.02860.05290.0162-0.03390.07990.03260.00950.11880.0170.069748.135764.447553.405
213.0165-0.37421.27210.7661-0.5181.10790.0075-0.117-0.33370.0180.0233-0.00320.1975-0.0121-0.03090.11740.03090.01580.07710.04660.117941.01555.461747.9459
220.80310.11220.54140.25110.04410.5635-0.0392-0.1779-0.0680.04360.00680.01810.0497-0.10350.03240.09330.00240.02810.09920.01860.077625.659362.053743.4345
230.56740.07780.35390.4290.82941.85930.0501-0.1092-0.11140.0318-0.00030.07650.058-0.134-0.04980.1078-0.02260.02880.08690.03720.099520.459556.078936.427
243.62690.6381-0.13250.7037-0.55280.56910.01650.1543-0.117-0.05420.0138-0.00590.1503-0.0275-0.03030.1346-0.0260.0080.0632-0.00380.100221.397156.003519.1813
254.58771.4226-4.72873.2908-1.07115.389-0.1004-0.0156-0.2702-0.0380.0033-0.03970.2496-0.02680.09710.0953-0.02270.0020.04490.01510.124927.227847.994127.0622
262.66911.20291.34233.1664-0.86371.15590.0806-0.1326-0.0890.08770.02090.03340.0421-0.1641-0.10150.0852-0.04520.02680.11430.01310.100211.186456.085432.1419
270.6278-0.21570.07780.21270.08880.6743-0.0044-0.0293-0.00870.0082-0.0047-0.00880.0238-0.04050.00910.0848-0.00860.01470.06690.00280.095824.241164.579529.0061
281.90531.91330.89465.8492-1.39092.2131-0.1483-0.06630.1487-0.03920.18390.4299-0.1279-0.3095-0.03560.0630.0229-0.01010.109-0.00480.11399.887169.239724.7463
290.8002-0.13510.23230.33010.07620.304-0.0676-0.05380.09260.01080.01080.0223-0.0316-0.02210.05670.09440.0085-0.00080.0637-0.00530.084729.752272.819430.0085
301.5775-0.2849-1.42121.848-0.47852.9816-0.0479-0.15760.07960.0750.04750.065-0.0698-0.07030.00050.07860.04270.0040.1038-0.01440.071532.199974.50747.9322
313.4762-3.2299-0.696810.878-0.25957.5689-0.1577-0.5368-0.08280.77710.10650.2533-0.3019-0.3540.05130.12470.06880.02910.23770.02670.00834.560168.017960.0519
325.50745.6771-2.859619.6255-9.57917.02170.2845-0.80560.190.718-0.05310.38480.00450.2362-0.23130.26480.0766-0.0150.2584-0.04920.032539.940271.060563.2485
331.0706-0.4926-0.69210.51880.23591.3629-0.0786-0.1030.14210.02150.0533-0.036-0.0882-0.01190.02530.0890.0248-0.01460.0837-0.02630.090244.52177.188245.2585
343.86470.2388-3.03992.29091.214710.6770.09270.18390.5044-0.14290.02750.0103-0.856-0.3801-0.12010.11610.0229-0.03530.0216-0.00120.146849.202983.110739.7896
352.38980.34910.82990.6519-0.36120.6879-0.0484-0.17590.1092-0.0419-0.02750.01530.0208-0.01710.07590.08140.0293-0.02330.1125-0.01840.086555.581372.564449.3223
3613.93989.04857.794421.29872.701610.0716-0.401-0.68590.77020.34580.00430.3525-0.4985-0.29150.39670.12380.0632-0.01780.2493-0.14070.112554.590378.19658.2246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3A43 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4A63 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5A73 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6A123 - 134
7X-RAY DIFFRACTION7A135 - 142
8X-RAY DIFFRACTION8A143 - 154
9X-RAY DIFFRACTION9A155 - 181
10X-RAY DIFFRACTION10A182 - 191
11X-RAY DIFFRACTION11A192 - 204
12X-RAY DIFFRACTION12A205 - 244
13X-RAY DIFFRACTION13A245 - 262
14X-RAY DIFFRACTION14A263 - 285
15X-RAY DIFFRACTION15A286 - 322
16X-RAY DIFFRACTION16A323 - 334
17X-RAY DIFFRACTION17A335 - 346
18X-RAY DIFFRACTION18A347 - 352
19X-RAY DIFFRACTION19B13 - 29
20X-RAY DIFFRACTION20B30 - 54
21X-RAY DIFFRACTION21B55 - 74
22X-RAY DIFFRACTION22B75 - 108
23X-RAY DIFFRACTION23B109 - 124
24X-RAY DIFFRACTION24B125 - 134
25X-RAY DIFFRACTION25B135 - 145
26X-RAY DIFFRACTION26B146 - 155
27X-RAY DIFFRACTION27B156 - 180
28X-RAY DIFFRACTION28B181 - 192
29X-RAY DIFFRACTION29B193 - 243
30X-RAY DIFFRACTION30B244 - 256
31X-RAY DIFFRACTION31B257 - 264
32X-RAY DIFFRACTION32B265 - 292
33X-RAY DIFFRACTION33B293 - 322
34X-RAY DIFFRACTION34B323 - 335
35X-RAY DIFFRACTION35B336 - 347
36X-RAY DIFFRACTION36B348 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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